Το καλοκαίρι του 2013 ανέλαβε την τεχνική ηγεσία του [[Α.Ο. Πλατανιά|Πλατανιά]], αποχώρησε όμως στα τέλη του έτους. Τον Ιανουάριο του 2014 συμφώνησε να αναλάβει τον [[Γ.Σ. Εργοτέλης (ποδόσφαιρο)|Εργοτέλη]], σε αντικατάσταση του Γιάννη Πετράκη,<ref>[http://www.sport-fm.gr/article/anakoinwthike-o-ouzounidis/745408 Ανέλαβε τον Εργοτέλη ο Ουζουνίδης]</ref> αποχώρησε όμως με τη λήξη της περιόδου. Τον Δεκέμβριο του ίδιου έτους ανακοινώθηκε η συνεργασία του με τον [[Πανιώνιος (ποδόσφαιρο)|Πανιώνιο]],<ref>[http://www.sport-fm.gr/article/upegrapse-o-ouzounidis/800572 Υπέγραψε ο Ουζουνίδης, www.sport-fm.gr]</ref> στον οποίο παρέμεινε μέχρι το καλοκαίρι του 2016.<ref>[http://www.sport24.gr/football/omades/Panionios/telos-o-oyzoynidhs-apo-ton-paniwnio.4206893.html Τέλος ο Ουζουνίδης από τον Πανιώνιο, www.sport24.gr]</ref>
Την 1η Δεκεμβρίου 2016 ήρθε σε συμφωνία με τον Παναθηναϊκό για 1,5 χρόνο, επιστρέφοντας στον σύλλογο όπου αναδείχθηκε ποδοσφαιρικά έπειτα από 20 σχεδόν χρόνια.,<ref>[http://www.sport-fm.gr/article/podosfairo/prasinos-kai-episima-o-ouzounidis/3246444 "Πράσινος" και επίσημα ο Ουζουνίδης, www.sport-fm.gr]</ref> θέση από την οποία αποχώρησε με την ολοκλήρωση της περιόδου [[Σούπερ Λίγκα 2017–18|2017-18]]. Μερικές ημέρες αργότερα, τον Μάιο του 2018 ανακοινώθηκε η πρόσληψή του από την [[Α.Ε.Κ. (ποδόσφαιρο)|ΑΕΚ]], σε αντικατάσταση του [[Μανόλο Χιμένεθ]].<ref>[https://www.aekfc.gr/newsdetails/o-marinos-ouzounidis-neos-proponitis-tis-aek-52607.htm?lang=el&path=-1550112185 Ο Μαρίνος Ουζουνίδης νέος προπονητής της ΑΕΚ]</ref>
Το 2018 με την λήξη της αγωνιστικής σεζόν αποχώρησε από τον [[Παναθηναϊκος|Παναθηναϊκο]] Αφήνωντας ανοικτο το ενδεχωμενο επιστροφης του καποια στιγμη στο μελλον
Τον Μάιο του 2018 μετά από την αποχώρηση του [[Μανόλο Χιμένεθ|Μανόλο Χιμένεθ]] σε μια επιτυχημένη σεζόν με την [[Α.Ε.Κ.|ΑΕΚ]], αναλαμβάνει προπονητής στην [[Σούπερ Λίγκα 2017–18|Πρωταθλήτρια]]<ref>[https://www.aekfc.gr/newsdetails/o-marinos-ouzounidis-neos-proponitis-tis-aek-52607.htm?lang=el&path=-1550112185 Ο Μαρίνος Ουζουνίδης νέος προπονητής της ΑΕΚ]</ref> της χρονιάς με σκοπό να συνεχίσει τις επιτυχημένες πορείες της σε Ελλάδα και Ευρώπη.
