Έτσι το 1903 η οργάνωση ΕΜΕΟ οργάνωσε την αντιοθωμανική ένοπλη [[επανάστασηΕξέγερση του Ίλιντεν]] με το σύνθημα "Η Μακεδονία στους Μακεδόνες" και βασικό στόχο την αυτονομία της Μακεδονίας.{{πηγή}} Σύμφωνα με πληροφόρηση του [[Ίων Δραγούμης|Ίωνα Δραγούμη]] προς τον πατέρα του "[ά]παντες οί [[Σλαβόφωνοι της Μακεδονίας|σλαυόφωνοι πληθυσμοί]] ήκολούθησαν τό Κομιτάτον, ορθόδοξοι καί [[Βουλγαρική Εξαρχία|σχισματικοί]] καί οί πλείστοι εκουσίως".<ref>{{cite book|title=Τἀ Τετράδια τοῦ Ἴλιντεν|author=Ίων Δραγούμης|author-link=Ίων Δραγούμης|editor=Γιώργος Πετσίβας|location=Αθήνα|year=2000|publisher=Πετσίβας|pages=195}}</ref> Η επανάσταση ξεκίνησε στις 2 Αυγούστου 1903 (ημέρα της εορτής του προφήτη Ηλία) και τελικώς απέτυχε αφού κατεστάλη σταδιακά και με ωμή βία από τους Οθωμανούς.
