Ο Μικιταριάν έκανε το ντεμπούτο του με την [[Εθνική Αρμενίας (ποδόσφαιρο ανδρών)|Εθνική Αρμενίας]] τον Ιανουάριο του [[2007]] σε φιλική αναμέτρηση με τον [[Εθνική Παναμά (ποδόσφαιρο ανδρών)|Παναμά]].<ref>{{Cite web|url=https://www.bbc.com/sport/football/22937049|title=Henrikh Mkhitaryan: Liverpool want Shakhtar Donetsk midfielder|last=McNulty|first=Phil|date=18 Ιουνίου 2013|website=bbc.com|publisher=BBC|language=αγγλικά|archiveurl=|archivedate=|accessdate=3 Ιουλίου 2018}}</ref>, ενώ τον Μάρτιο του 2009 σημείωσε το πρώτο του τέρμα με το εθνόσημο στην εντός έδρας ισοπαλία (2-2) κόντρα στην [[Εθνική Εσθονίας (ποδόσφαιρο ανδρών)|Εσθονία]] για τα [[Προκριματικά Παγκοσμίου Κυπέλλου Ποδοσφαίρου 2010 (ΟΥΕΦΑ)|προκριματικά του Παγκοσμίου Κυπέλλου του 2010]].<ref>{{Cite web|url=https://www.fifa.com/worldcup/matches/round=250471/match=300042904/report.html|title=Armenia-Estonia - Report|last=|first=|date=|website=fifa.com|publisher=FIFA|language=αγγλικά|archiveurl=|archivedate=|accessdate=5 Ιουλίου 2018}}</ref>
Έως τώρα έχει συμμετάσχει σε 74 επίσημους αγώνες, πετυχαίνοντας 25 γκολ, επίτευγμα που τον καθιστά πρώτο σκόρερ της Εθνικής του, ενώ θεωρείται ο καλύτερος σύγχρονος Αρμένιος ποδοσφαιριστής. Έως τώρα δεν έχει συμμετάσχει με την Αρμενία στα τελικά κάποιας μεγάλης διοργάνωσης, παρά μόνο σε φάσεις προκριματικών.
