To [[1996]] ο Εορδαϊκός λόγω σοβαρών οικονομικών προβλημάτων ουσιαστικά αδρανοποιήθηκε και συγχωνεύθηκε στον [[Ηρακλής Πτολεμαΐδας|Ηρακλή Πτολεμαΐδας]] ο οποίος και μετονομάστηκε σε «ΠΑΣ Πτολεμαΐδα». Κατόπιν, το [[1999]] ο ΠΑΣ Πτολεμαΐδα συγχωνεύτηκε με την Αναγέννηση Πτολεμαΐδας και δημιούργησαν τον «Α.Σ. Πτολεμαΐδα».,<ref>[http://www.rsssf.com/tablesg/grk-names.html Greece - Mergers and Name Changes rsssf.com]</ref> Το [[2004]] μεπου την άνοδοδιετία στην2004 επαγγελματική- Γ' Εθνική ο Α.Σ. Πτολεμαΐδα2006 ίδρυσε Π.Α.Ε. και αγωνίστηκε την διετία 2004 - 2006 στην Γ' Εθνική κατηγορία ως «[[Πτολεμαΐδα-Λιγνιτωρύχοι|ΠΑΕ Πτολεμαΐδα-Λιγνιτωρύχοι]]». ΣεΤον ΓενικέςΑύγουστο Συνελεύσειςτου που ακολούθησαν ([[Σεπτέμβριος2007]]), [[2005]]κι -ενώ [[Ιούλιος]]ο [[2007]])σύλλογος είχε κερδίσει την επάνοδο στη Γ΄ Εθνική αποφασίστηκε η μετονομασία τηςτου ΠΑΕΑ.Σ. Πτολεμαΐδα-Λιγνιτωρύχοι σε «'''Α.Σ. Εορδαϊκός 2007'''», ηεπαναφέροντας οποίαεκτός ολοκληρώθηκεαπό τοντην [[Αύγουστος|Αύγουστο]] του [[2007]]. Από τη στιγμή αυτήονομασία και έπειτα ο Εορδαϊκός επανασυστάθηκε και αγωνίζεται πάλι με τα ιδιαίτερα χρώματα που τοντου καθιέρωσανΕορδαϊκού, το πράσινο και το κίτρινο.
Μέχρι και την αγωνιστική περίοδο 2010-2011 συμμετείχε στον 2ο όμιλο της επαγγελματικής Γ' Εθνικής Κατηγορίας, με την ημιεπαγγελματική ονομασία «Τ.Α.Π. Α.Σ. Εορδαϊκός 2007» και το διακριτό τίτλοως «Τ.Α.Π. Εορδαϊκός 2007». Tην αγωνιστική περίοδο 2011-2012 η ομάδα δεν πήρε πιστοποιητικό συμμετοχής στο πρωτάθλημα λόγω χρεών και εσφαλμένων χειρισμών της διοίκησης και από την περίοδο 2012-2013 αγωνίζεταιαγωνίστηκε στο τοπικό πρωτάθλημα της Ε.Π.Σ. Κοζάνης. Την περίοδο 2013-2014 κατέκτησε τον τίτλο της Α' Κατηγορίας Ε.Π.Σ. Κοζάνης και μπήκεσυμμετείχε στα [[Ειδικό ερασιτεχνικό πρωτάθλημα ποδοσφαίρου 2014|μπαράζ ανόδου]] τηςγια τη [[Γ΄Εθνική ποδοσφαίρου αντρών|Γ' Εθνικής]] οπού απέτυχε. Ωστόσο όμως, ένα χρόνο μετά και έπειτα από την ίδια διαδικασία η ομάδα κατάφερε και πήρε το εισιτήριο για την [[Γ΄ Εθνική ποδοσφαίρου αντρών|Γ' Εθνική Κατηγορία]]. Το 2017 μετά από αδυναμία της διοίκησης της ομάδας, η ομάδα δεν κατεβαίνειδήλωσε συμμετοχή στο πρωτάθλημα της [[Γ΄ Εθνική ποδοσφαίρου ανδρών 2017-2018|Γ' Εθνικής]]<ref>{{cite news |url=http://sentra.com.gr/%CE%B1%CF%8D%CF%81%CE%B9%CE%BF-%CE%BF-%CE%BA%CE%B1%CF%84%CE%B1%CF%81%CF%84%CE%B9%CF%83%CE%BC%CF%8C%CF%82-%CF%84%CF%89%CE%BD-%CE%BF%CE%BC%CE%AF%CE%BB%CF%89%CE%BD-%CF%84%CE%B7%CF%82-%CE%B3/|title=Αύριο ο καταρτισμός των ομίλων της Γ' Εθνικής – 12 ομάδες δεν δήλωσαν συμμετοχή!!! |author=Μάρκος Πετρόπουλος |publisher=sentra.com.gr |date=7 Σεπτεμβρίου 2017 |accessdate=22 Νοεμβρίου 2017}}</ref> και εντέλει διαλύθηκε. ΤοΤην 2017ίδια περίοδο ιδρύθηκε ο «Φ.Σ. Εορδαϊκός Ακαδημία Ποδοσφαίρου». Το 2018-19 κατέκτησε το πρωτάθλημα στη Β' Κατηγορία [[ΕΠΣ Κοζάνης]] και προβιβάστηκε στην Α' Κατηγορία.
