Οι πόροι του ΚΕΘΕΑ προέρχονται από την ετήσια χρηματοδότηση του [[Υπουργείο Υγείας & Κοινωνικής Αλληλεγγύης(Ελλάδα)|Υπουργείου Υγείας & Κοινωνικής Αλληλεγγύης]], προγράμματα της Ευρωπαϊκής Ένωσης και δραστηριότητες αυτοχρηματοδότησης (παραγωγικές μονάδες κατάρτισης, δωρεές κ.ά). Το [[Υπουργείο Υγείας &(Ελλάδα)|Υπουργείο Κοινωνικής ΑλληλεγγύηςΥγείας]] εγκρίνει τον προϋπολογισμό του ΚΕΘΕΑ και ελέγχει κατασταλτικά τη διαχείριση των οικονομικών του. Ετήσια έκθεση έλεγχου των οικονομικών του ΚΕΘΕΑ συντάσσεται από ορκωτούς λογιστές και υποβάλλεται στο [[Υπουργείο Υγείας &(Ελλάδα)|Υπουργείο Κοινωνικής ΑλληλεγγύηςΥγείας]] και στο Γενικό Λογιστήριο του Κράτους.
