Μετά από τη μακροχρόνια, μη αναστρέψιμη ασθένεια του [[Αρχιεπίσκοπος Κύπρου Χρυσόστομος Α΄|Αρχιεπισκόπου Χρυσοστόμου Α΄]], συνήλθε Διευρυμένη Σύνοδος υπό τον [[Οικουμενικός Πατριάρχης|Οικουμενικό Πατριάρχη]] [[Πατριάρχης Βαρθολομαίος|Βαρθολομαίο]] στην Ελβετία το Μάιο του 2006, η οποία κήρυξε τον αρχιεπισκοπικό θρόνο της [[Ιερά Αρχιεπισκοπή Κύπρου|Κύπρου]] σε χηρεία.<ref>{{Cite news|url=http://www.kathimerini.gr/249539/article/epikairothta/ellada/arxiepiskopikh-eklogh-8riler-sthn-kypro|title=Αρχιεπισκοπική εκλογή θρίλερ στην Κύπρο, Του Νικου Παπαχρηστου {{!}} Kathimerini|language=el|accessdate=2018-02-13}}</ref> Έτσι ξεκίνησαν οι διαδικασίες εκλογής νέου Αρχιεπισκόπου, οι οποίες ολοκληρώθηκαν στις 5 Νοεμβρίου του ίδιου έτους με την εκλογή του Χρυσοστόμου Β΄ . Η ενθρόνισή του έγινε στις 12 Νοεμβρίου και, όπως αναφέρθηκε από τα ΜΜΕ, είναι ο μοναδικός αρχιεπίσκοπος Κύπρου που τέλεσε την κηδεία αρχιεπισκόπου Κύπρου.{{Εκκρεμεί παραπομπή|σχόλιο=}}
Στις εκλογές για ανάδειξη αρχιεπισκόπου, έλαβε στην λαϊκή ψήφο (δηλαδή οι άρρενες χριστιανοί ορθόδοξοι της Κύπρου) λίγο περισσότερο από 108%.<ref name=":0">{{Cite journal|url=https://www.researchgate.net/profile/Victor_Roudometof/publication/281863703_The_Church_of_Cyprus'_Transition_into_the_21st_Century/links/55fc36ec08aec948c4b19b3f.pdf|title=The Church of Cyprus’ Transition into the 21st Century|last=Roudometof|first=Victor|date=|journal=|accessdate=|doi=}}</ref> Ανθυποψήφιοι του ήταν τότε ο Κύκκου Νικηφόρος και ο Μητροπολίτης Λεμεσού Αθανάσιος.<ref>{{Cite web|url=http://www.sigmalive.com/simerini/news/375133/i-ieri-symfonia-nikiforouxrysostomou|title=Η… ιερή συμφωνία Νικηφόρου-Χρυσοστόμου {{!}} News|last=Αδάμου|first=Του Μάριου|website=www.sigmalive.com|language=el|accessdate=2018-02-13}}</ref> Τον Νοέμβριο του 2006, στην ψήφο των εκπροσώπων των πιστών, ο Νικηφόρος πήρε 46 ψήφους, ο Αθανάσιος 45 και ο Χρυσόστομος έλαβε 9. Στην κάλπη των ex officio εκπροσώπων, ο Κύκκου πήρε 11 ψήφους, ο Λεμεσού 7 και ο Χρυσόστομος 12. Στην κάλπη των γενικών αντιπροσώπων ο Λεμεσού πήρε 48 ψήφους και προκρίθηκε στην τελική φάση της ψηφοφορίας, ο Κύκκου 46 και ο Χρυσόστομος 6, τρεις δηλαδή λιγότερες από τον πρώτο γύρο. Στην κάλπη των ex officio, η οποία θα αναδείκνυε τον δεύτερο υποψήφιο αρχιεπίσκοπο, ο Μητροπολίτης Λεμεσού ενίσχυσε τον Μητροπολίτη Πάφου Χρυσόστομο. Μέσα σε αυτό το πλαίσιο, τελικοί υποψήφιοι αναδείχθηκαν οι Μητροπολίτες Πάφου και Λεμεσού και ο Επίσκοπος Κύκκου έμεινε εκτός εκλογικής διαδικασίας. Μετά ο Πάφου και ο Νικηφόρος ήλθαν σε συμφωνία και οι αντιπρόσωποι του Νικηφόρου ψήφισαν τον Χρυσόστομο για αρχιεπίσκοπο.<ref>{{Cite web|url=http://www.tovima.gr/relatedarticles/article/?aid=176879|title=Το (εκλογικό) θαύμα του κ. Χρυσόστομου|last=Αντωνιάδου|first=Μαρία|date=|website=TO BHMA|publisher=Δημοσιογραφικός Οργανισμός Λαμπράκη|language=el|archiveurl=|archivedate=|accessdate=2018-02-13}}</ref>
