Στην ιστορία της σύγχρονης Ελλάδας, η Γυάρος συνδέθηκε με εποχές πολιτικής καταπίεσης. Το [[1947]] κατασκευάστηκε και η φυλακή της Γυάρου,<ref>[{{Cite web |url=http://library.tee.gr/digital/techr/2008/techr_2008_2_asimakopoulos.pdf |title=Οι Ελληνικές φυλακές τον 19ο και στις αρχές του 20ου αιώνα] |accessdate=2011-07-01 |archiveurl=https://web.archive.org/web/20160304115828/http://library.tee.gr/digital/techr/2008/techr_2008_2_asimakopoulos.pdf |archivedate=2016-03-04 |url-status=dead }}</ref> η οποία με υπουργική απόφαση του 2001 χαρακτηρίστηκε διατηρητέο μνημείο.<ref>[http://www.sifounakis.gr/gr/bio/GIAROS/772%20xaraktirismos%20giarou.pdf ΦΕΚ 772/19-9-2001]</ref> Το 1947 ξεκίνησαν οι πρώτες οικοδομικές εργασίες στο νησί που περιελάμβαναν εκβραχισμούς και διαμορφώσεις του εδάφους, διάνοιξη δρόμων, κτίσιμο ειδικών κτιρίων φυλακών, αποθηκών, κατοικιών φυλάκων, πυροβολείων, κ.α. Όλες οι εργασίες έγιναν από τους εξόριστους φυλακισμένους. Σε πέντε όρμους του νησιού δημιουργήθηκαν στρατόπεδα συγκέντρωσης. Στον πρώτο όρμο, το 1950 βρισκόταν 5.500 κρατούμενοι, στον δεύτερο 1.500, στον τρίτο 990, στον τέταρτο 2.000 και στον πέμπτο 300 κρατούμενοι. Εκτός από τους πολιτικούς κρατούμενους, οι [[Μάρτυρες του Ιεχωβά]] εξέτισαν ποινές εξορίας στη φυλακή της Γυάρου ως χριστιανοί [[αντιρρησίες συνείδησης]]. Η χρήση του ως τόπου εξορίας και φυλάκισης έγινε κυρίως στα διαστήματα 1947-1952, 1955-1961 και 1967-1974.
