Η Αναγέννηση Γιαννιτσών ιδρύθηκε επίσημα το 1961 με τηνπλήρη σημερινήονομασία της«'''Γυμναστικός μορφή,Αθλητικός ιδρύθηκεΣύλλογος τοΑναγέννηση 1961Γιαννιτσών'''». Η ίδρυση της ήταν αποτέλεσμα της αγάπης των ποδοσφαιρόφιλου κόσμου των Γιαννιτσών, που ήθελε μια ομάδα δυνατή, παρούσα στα ποδοσφαιρικά δρώμενα. Στο παρελθόν υπήρχαν στην περιοχή οι σύλλογοι «Απόλλων Γιαννιτσών» με έτος ίδρυσης το 1928, «Αναγέννηση Γιαννιτσών» με έτος ίδρυσης το 1939 και βραχύβια πορεία. Το 1948 ιδρύθηκε εκ νέου ο «Απόλλων Γιαννιτσών», με πρόεδρο τον τότε δήμαρχο της πόλης, Κώστα Στάμκο.
Μεταξύ των ετών 1950 και 1951, παρατηρείται μεγάλη δραστηριότητα στην τοπική κοινωνία, με την ίδρυση τεσσάρων ομάδων που αποτέλεσαν τον προπομπό της σημερινής ομάδας. Πρόκειται για τον Μέγα Αλέξανδρο Γιαννιτσών, τον Ηρακλή Γιαννιτσών, τον ΑΟΚ Γιαννιτσών (Αθλητικός Όμιλος Καρυωτών) και την Ποντιακή Νεολαία. Το 1955 αρχίζει μία διαδικασία συγχώνευσης των τοπικών ομάδων, με αποτέλεσμα να προκύψουν μέχρι το 1960 δύο κυρίαρχοι σύλλογοι, ο Μακεδονικός Γιαννιτσών και η Ποντιακή Νεολαία. Τελικά, το 1961 συγχωνεύτηκαν ο Μακεδονικός Γιαννιτσών και η Ποντιακή Νεολαία, με αποτέλεσμα την δημιουργία της Αναγέννησης Γιαννιτσών, ομάδα σύμβολο για την τοπική κοινωνία.
Γραμμή 65:
=== Συγχώνευση με Α.Σ. Γιαννιτσά ===
Τον Ιούλιο του 2019, κι ενώ ο κίνδυνος της διάλυσης ήταν πλέον ορατός, καθώς η ομάδαιστορική Αναγέννηση Γιαννιτσών είχε υποβιβαστεί στην δεύτερη τη τάξει κατηγορία του τοπικού πρωταθλήματος (Α' Κατηγορία ΕΠΣ Πέλλας), η Αναγέννηση συγχωνεύτηκε με τον Α.Σ. Γιαννιτσά<ref>{{Cite web|url=http://www.pellasports.gr/%ce%b9%cf%83%cf%84%ce%bf%cf%81%ce%b9%ce%ba%ce%ae-%cf%83%cf%85%ce%bc%cf%86%cf%89%ce%bd%ce%af%ce%b1-%ce%b1%ce%bd%ce%b1%ce%b3%ce%ad%ce%bd%ce%bd%ce%b7%cf%83%ce%b7-%ce%b3%ce%b9%ce%b1-%cf%84%ce%bf-%cf%80/|title=Ιστορική συμφωνία: Αναγέννηση για το ποδόσφαιρο των Γιαννιτσών|last=|first=|ημερομηνία=2019-07-14|website=pellasports.gr|publisher=|language=el|archiveurl=|archivedate=|accessdate=2019-09-12}}</ref>, ο οποίος αγωνιζόταν στο πρωτάθλημα της Γ' εθνικής, δημιουργώντας έτσιτον μία«'''Αθλητικό νέαΣύλλογο ισχυρήΑναγέννηση καιΓιαννιτσών'''».<ref>[https://www.anagennisigiannitson.gr/istoria/ φιλόδοξηΕπίσημη ομάδα,ιστοσελίδα σκορπώνταςτου ενθουσιασμόΣυλλόγου]</ref> στουςΗ ποδοσφαιρόφιλουςΑναγέννηση τηςΓιαννιτσών ευρύτερηςαπό περιοχήςτη τωνσεζόν Γιαννιτσών2019-20 επανήλθε στα εθνικά πρωταθλήματα, συμμετέχοντας στην Γ΄ Εθνική ερασιτεχνική κατηγορία.
