Εκκλησιαστική ιστορία της Ελλάδας (1821-1827): Διαφορά μεταξύ των αναθεωρήσεων

Η διακοπή των σχέσεων με το Φανάρι, η απουσία συνοδικού οργάνου, και η τάση της Διοίκησης να ελέγχει τα εκκλησιαστικά ζητήματα είχε σαν αποτέλεσμα να ασκείται η πειθαρχική εξουσία δια του Υπουργείου της Θρησκείας. Έτσι ο απομακρυσμένος από τις προηγούμενες τοπικές αρχές Σαντορίνης Ζαχαρίας Β', επειδή είχε κατηγορηθεί για μη απόδοση των συλλεγέντων φόρων στη διοίκηση, επανήλθε από τους αρμοστές των νήσων του Αιγαίου. Ο Σάμου Κύριλλος κλήθηκε σε απολογία στο Υπουργείο της Θρησκείας με την κατηγορία του φατριασμού κατά της Διοικήσεως επειδή προέτρεπε τους Σαμιώτες να μην δεχθούν τον διορισμένο από την Διοίκηση έπαρχο. Ο Αιγίνης Γεράσιμος κατηγορήθηκε για παράβαση των νόμων όταν μετέβειμετέβη στα Ιόνια νησιά για λόγους υγείας παρά την ρητή απαγόρευση της Διοίκησης. Το Βουλευτικό ζήτησε την καθαίρεσή του από το Εκτελεστικό το οποίο τελικά τον απάλλαξε των κατηγοριών. Ο Παροναξίας Ιερόθεος κατηγορήθηκε από τη Διοίκηση για αντιπολιτευτικές ενέργειες υπέρ του Δημήτριου Υψηλάντη, συνελήφθη και το Βουλευτικό εισηγήθηκε την καθαίρεσή του διά του Υπουργού της Θρησκείας. Γενικά στο θέμα της εκκλησιαστικής πειθαρχίας από τη Διοίκηση παρατηρείται συνεργασία των κατά τόπους αρχιερέων με το Υπουργείο της Θρησκείας για την πιο αποτελεσματική απονομή της εκκλησιαστικής δικαιοσύνης, «κάτι που δεν αντέβαινε στην ορθόδοξη πολιτική θεολογία».{{sfn|Καραγιώργος|σσ=214–220}}