Ο πατέρας του Αλέξιου Γ΄, αυτοκράτορας [[Βασίλειος Μέγας Κομνηνός|Βασίλειος]], είχε παντρευτεί δυο φορές. Όταν πέθανε, η πρώτη του σύζυγος Ειρήνη Παλαιολογίνα, νόθα κόρη του βυζαντινού αυτοκράτορα [[Ανδρόνικος Γ΄ Παλαιολόγος|Ανδρόνικου Γ΄]], ανήλθε στο θρόνο με την υποστήριξη μερικών ανώτατων αξιωματούχων και πιστών της στρατιωτικών τμημάτων. και ηΗ νέα αυτοκράτειρα εξόρισε τη δεύτερη γυναίκα του συζύγου της, επίσης Ειρήνη με τα δυο ανήλικα παιδιά της τον Ιωάννη (=Αλέξιο) και Αλέξιο στην Κωνσταντινούπολη. <ref>{{Cite book|title=Πανάρετος Χρονικόν σελ. 272|first=|last=|publisher=|isbn=|year=|location=|page=|quote=}}</ref><ref>{{Cite book|title=Σ. Καρπόβ, Ιστορία της αυτοκρατορίας της Τραπεζούντας. σελ. 202-203|first=|last=|publisher=|isbn=|year=|location=|page=|quote=}}</ref>Ο μικρός Ιωάννης(=Αλέξιος) ανατράφηκε στη βυζαντινή αυλή και παρέμεινε εκεί καθ' όλη την περίοδο 1340-1349, όπου η αυτοκρατορία της Τραπεζούντας σπαρασσόταν από εμφυλίους πολέμους και πραξικοπήματα, από τα οποία δυο αυτοκράτειρες και δυο αυτοκράτορες ανήλθαν και έχασαν διαδοχικά την εξουσία. <ref>{{Cite book|title=Σ. Καρπόβ, Ιστορία της αυτοκρατορίας της Τραπεζούντας. σελ.203-205|first=|last=|publisher=|isbn=|year=|location=|page=|quote=}}</ref> Σύμφωνα με τη μαρτυρία του αυτόπτη αξιωματούχου και ιστορικού [[Μιχαήλ Πανάρετος|Μιχαήλ Πανάρετου]], ο αυτοκράτορας [[Μιχαήλ Μέγας Κομνηνός]] έχασε την εξουσία, στις 13 Δεκεμβρίου 1349. Η ανατροπή του Μιχαήλ οργανώθηκε στην Κωνσταντινούπολη αλλά και μέσα στην Τραπεζούντα. Ο βυζαντινός αυτοκράτορας [[Ιωάννης ΣΤ΄ Καντακουζηνός|Ιωάννης Στ΄ Καντακουζηνός]], ύστερα από επαφές που είχε με Τραπεζούντιους υποστηρικτές του Ιωάννη(=Αλέξιου) στη Κωνσταντινούπολη, συμφώνησε να βοηθήσει το νεαρό διάδοχο και του διέθεσε ένα πλοίο για να επιστρέψει στην Τραπεζούντα. Στην ποντιακή πρωτεύουσα ισχυρή μερίδα της αριστοκρατίας, που ανήκε στην παράταξη των "Σχολαρίων", με επικεφαλής το μέγα δούκα [[Νικήτας Σχολάριος|Νικήτα Σχολάριο]], προετοίμαζε από καιρό το έδαφος για την ανατροπή του Μιχαήλ<ref>{{Cite book|title=Σ. Καρπόβ, Ιστορία της αυτοκρατορίας της Τραπεζούντας. σελ. 205-206|first=|last=|publisher=|isbn=|year=|location=|page=|quote=}}</ref>. Το θαλάσσιο ταξίδι του Αλέξιου και των υποστηρικτών του έγινε με στάσεις στη [[Σινώπη]], [[Αμισός|Αμισό]], [[Κερασούντα]] και [[Τρίπολις (Φρυγία)|Τρίπολη]], όπου έτυχε θριαμβευτικής υποδοχής.<ref>{{Cite book|title=Λιβαδηνός, Περιήγησις σελ. 34|first=|last=|publisher=|isbn=|year=|location=|page=|quote=}}</ref>
