Το τμήμα ποδοσφαίρου σάλας του Παναθηναϊκού<ref>{{cite web|url=https://futsalfeed.com/original-content/top-11-football-clubs-with-futsal-sections--1|title=Top 11 football clubs with futsal sections|publisher=futsallfeed.com| accessdate=2020-04-08}}</ref> ανακοινώθηκε στις 8 Αυγούστου του 2017, μετά από τη σύναψη πενταετούς συνεργασίας με το σύλλογο «[[Σ.Φ.Α. Αθήνα 90΄'90|Αθήνα 90]]», τον πολυνίκη της Ελλάδας στο συγκεκριμένο άθλημα,<ref>[http://panathinaikos1908.gr/deltia_typou.php?id=214 panathinaikos1908.gr - To Ποδόσφαιρο Σάλας (Futsal) στον Π.Α.Ο.!]</ref> ώστε να φέρει την ονομασία "Παναθηναϊκός". Η ομάδα της Αθήνας 90 συμμετέχει στα πρωταθλήματα [[Πρωτάθλημα Ελλάδας ποδοσφαίρου σάλας ανδρών|Α' κατηγορίας Ανδρών]] και Υποδομών της [[Πανελλήνια Ένωση Ποδοσφαιρικών Σωματείων Σάλας|Πανελλήνιας Ένωσης Ποδοσφαιρικών Σωματείων Σάλας]] με την ονομασία "Παναθηναϊκός". Στην πρώτη της παρουσία με τη νέα ονομασία στο πρωταθλήματα [[Πρωτάθλημα Ελλάδας ποδοσφαίρου σάλας ανδρών|Α' κατηγορίας Ανδρών]] της σεζόν 2017–18 έφθασε μέχρι τον τελικό της διοργάνωσης, όπου ηττήθηκε από το Δούκα. Την ίδια σεζόν η ομάδα παίδων του συλλόγου αναδείχθηκε Πρωταθλήτρια Ελλάδας. Τη σεζόν 2018–19 έφθασε στον τελικό του Κυπέλλου Ελλάδας, αλλά ηττήθηκε πάλι από την ομάδα του Δούκα.Την ίδια σεζόν έφθασε και στον τελικό του Πρωταθλήματος, όπου ηττήθηκε από την ΑΕΚ. Τη σεζόν 2019–20 τερμάτισε τρίτος στο Πρωτάθλημα. Τη σεζόν 2020-2021 τερμάτισε τέταρτος στο Πρωτάθλημα.
