Αμέσως μετά την εκθρόνιση του Βασιλιά, ο ύπατος αρμοστής των προστάτιδων δυνάμεων έστειλε στον πρωθυπουργό [[Αλέξανδρος Ζαΐμης|Αλέξανδρο Ζαΐμη]] κατάλογο με τους ανεπιθύμητους Βασιλικούς, οι οποίοι έπρεπε άμεσα να εξοριστούν. Ο κατάλογος περιείχε μεγάλες προσωπικότητες της εποχής, καθώς και τον συνταγματάρχη Ιωάννη Μεταξά. Στις 20 Ιουνίου του [[1917]] επιβιβάστηκε στο ελληνικό ατμόπλοιο ''«Βασιλεύς Κωνσταντίνος»'' με προορισμό την [[Κορσική]]. Στο ίδιο πλοίο επέβαιναν οι [[Δημήτριος Γούναρης]], [[Γεώργιος Πεσμαζόγλου]], [[Κωνσταντίνος Έσσλιν]] κ.α. Στις 29 Ιουνίου, ύστερα από ταξίδι εννιά ημερών έφτασε στο Αιάκειο. Ο Μεταξάς είχε πάρει μαζί του την οικογένεια του, η οποία αποτελείτο από τη σύζυγό του και τις δύο τους κόρες. Κατέλυσαν στο ''Grand Hotel'' μαζί με άλλους σημαντικούς εξόριστους. Στην [[Κορσική]] ο Μεταξάς μάθαινε γαλλικά, ενώ μάθαινε στις κόρες του ελληνικά με ένα [[αλφαβητάριο]] που είχε συντάξει ο ίδιος. Τα νέα περί ανακωχής των κεντρικών δυνάμεων ανησύχησαν τους εξόριστους. Λίγο αργότερα έφτασε η είδηση ότι οι Φιλελεύθεροι είχαν ζητήσει τους Βασιλικούς πίσω για να τους δικάσουν. Αυτή η είδηση επηρέασε σε μεγάλο βαθμό τον Μεταξά και τον ανάγκασε να σκεφτεί για πρώτη φορά την περίπτωση της απόδρασης.
Στους επόμενους μήνες που ακολούθησαν ο Μεταξάς ήρθε σε επαφή με ληστές, μασόνους και πολιτικούς προκειμένου να καταφέρει να βρει τρόπο διαφυγής. Αποφασίστηκε να κλέψουν το αυτοκίνητο του νομάρχη γιατί ήταν το μοναδικό το οποίο μπορούσε να κυκλοφορεί το βράδυ. Στο σχέδιο συμμετείχαν ο [[Δημήτριος Γούναρης]] και ο [[Γεώργιος Πεσμαζόγλου]] ενώ ο Ιωάννης Σαγιάς αρνήθηκε να συμμετάσχει. Στις 6 Δεκεμβρίου του [[1918]] οι τρεις εξόριστοι έφυγαν κρυφά από το ξενοδοχείο, αφού διένυσαν μεγάλη απόσταση και επιβιβάστηκαν σε ένα καΐκι με προορισμό τη [[Σαρδηνία]]. Μετά την αποβίβασή τους και ύστερα από πολύωρη πεζοπορία κατέλυσαν σε ξενοδοχείο ύστερα από παράκληση των Γούναρη και Πεσμαζόγλου. Τελικά, στις οκτώ το βράδυ οι τοπικές αστυνομικές αρχές κατέφθασαν στο ξενοδοχείο και συνέλαβαν τους φυγάδες. Η ιταλική όμως κυβέρνηση αρνήθηκε την έκδοσή τους στη [[Γαλλία]]. Την ίδια ώρα ο Βενιζέλος βρισκόταν στη [[Ρώμη]] για να συναντήσει τον πρωθυπουργό σχετικά με τις εδαφικές απαιτήσεις της Ελλάδας, οπότε συζητήθηκε και το θέμα των φυγάδων. Παρ' όλες τις πιέσεις του ο Ιταλός πρωθυπουργός αρνήθηκε να εκδώσει τους φυγάδες στην [[Ελλάδα]]. Πρόθεση της ιταλικής κυβέρνησης ήταν να τους χρησιμοποιήσει ως μέσο εκβιασμού σχετικά με το θέμα των Δωδεκανήσων. Στις 21 Δεκεμβρίου μεταφέρθηκαν στην πρωτεύουσα της [[Σαρδηνία]]ς, το Κάλιαρι. Εκεί παρέμειναν υπό αστυνομική παρακολούθηση. Ο Μεταξάς όντας μασόνος{{Ref_label|IV|iv|none}} ζήτησε τη βοήθεια της ιταλικής μασονικής στοάς σχετικά με την ασφαλή επιστροφή τους στην πατρίδα και έλαβε ικανοποιητικές εγγυήσεις.<ref>Έγγραφο Α. Ράμμου, Γενικά Αρχεία του Κράτους, Αρχείο Ι. Μεταξά, Φακ. 53, όπως αναφέρεται στο Πετρίδης Παύλος, ''Σύγχρονη Ελληνική Πολιτική Ιστορία'', Γκοβόστης, 2000, ISBN 960-270-858-1</ref> Ύστερα από πιέσεις τον μασόνων στον υπουργό των εξωτερικών Tittoni, η ιταλική κυβέρνηση επέτρεψε στους φυγάδες να εγκατασταθούν σε μια από τις παρακάτω πόλεις: Την [[Περούτζια]], τη Σιένα ή τη Λούκκα. Τελικά ο Μεταξάς με την οικογένεια του, η οποία είχε φύγει από τη [[Γαλλία]], εγκαταστάθηκε στη [[Σιένα]]. Εκεί παρέμεινε για έναν περίπου χρόνο. Εν τω μεταξύ στις 7 Νοεμβρίου ξεκίνησε η δίκη του πρώην γενικού επιτελείου. Ο Μεταξάς και ο [[Βίκτωρ Δούσμανης]] κατηγορήθηκαν για εσχάτη προδοσία. Το αποτέλεσμα ήταν να καταδικαστεί στις 14 Φεβρουαρίου του [[1920]] με απόφαση του ειδικού στρατοδικείου σε θάνατο. Τον Μάιο του [[1920]] οι τρεις εξόριστοι έπαψαν να θεωρούνται κρατούμενοι των συμμάχων. Στις 27 Σεπτεμβρίου του ίδιου χρόνου ο Μεταξάς με την οικογένειά του μετακόμισαν στη [[Φλωρεντία]]. Κατά τη διάρκεια της διαμονής του στην [[Ιταλία]] είχε τακτική αλληλογραφία με τη βασιλική οικογένεια και ιδιαίτερα με τη [[Σοφία της Ελλάδας|βασίλισσα Σοφία]] και τον [[Πρίγκιπας Ανδρέας της Ελλάδας|πρίγκηπα Ανδρέα]].
