Η απέκκριση γίνεται κυρίως με δύο μικρά [[νεφρό|νεφρά]]. Στα διάψιδα, το [[ουρικό οξύ]] είναι το κύριο αζωτούχο απόβλητο, όμως στιςοι χελώνες, όπως τα θηλαστικά, εκκρίνουν κυρίως [[ουρία]]. Σε αντίθεση με τα νεφρά των θηλαστικών και πουλιών, τα νεφρά των ερπετών δεν μπορούν να παράγουν υγρά ούρα με μεγαλύτερη συγκέντρωση από υγρά του σώματός τους. Αυτό συμβαίνει επειδή δεν διαθέτουν μια εξειδικευμένη δομή που ονομάζεται βρόχοςαγκύλη του HenleΧένλε, η οποία είναι παρούσα στα νεφρά των πτηνών και των θηλαστικών,. Εξαιτίας αυτού, πολλά ερπετά χρησιμοποιούν το [[παχύ εντέρο]] για να βοηθήσουν στην επαναρρόφηση του νερού. Μερικά είναι επίσης σε θέση να χρησιμοποιήσουν το νερό αποθηκεύεται στην ουροδόχο κύστη. Η περίσσεια άλατος επίσης εκκρίνεται από τους ρινικούς και γλωσσικους αδένες σε κάποια ερπετά.
