Το 1966, μετά από μια διαμάχη για εξουσία ανάμεσα στην κυβέρνηση του Ομπότε και τον βασιλιά Μουτέσα, το κοινοβούλιο, στο οποίο το UPC είχε την πλειοψηφία, άλλαξε το σύνταγμα και κατάργησε την εθιμοτυπική θέση του προέδρου. Το 1967, με ένα νέο σύνταγμα, η Ουγκάντα ανακηρύχθηκε δημοκρατία και τα παραδοσιακά βασίλεια καταργήθηκαν. Ο Ομπότε, χωρίς να συγκαλέσει εκλογές, αυτοανακηρύσσεται εκτελεστικός πρόεδρος.<ref>{{cite web|url=http://www.state.gov/r/pa/ei/bgn/2963.htm |title=Department of State. Background Note: Uganda |publisher=State.gov |date=3 February 2010 |accessdate=3 May 2010}}</ref>
Το 1971, ύστερα από πραξικόπημα, τον έλεγχο της χώρας ανέλαβε ο δικτάτορας [[ΊντιΙντί Αμίν]]. Ο Αμίν κυβερνούσε με τον στρατό για τα επόμενα οχτώ χρόνια<ref name="loc">[http://lcweb2.loc.gov/frd/cs/ugtoc.html "A Country Study: Uganda"], ''[[Library of Congress]] Country Studies''</ref> και πραγματοποίησε μαζικές εκτελέσεις εντός της χώρας για να διατηρήσει την εξουσία του. Υπολογίζεται ότι περίπου 300.000 άνθρωποι έχασαν τη ζωής τους κατά τη διάρκεια του καθεστώτος του, ιδίως στον βορρά, που τον είχε συσχετίσει με τους πιστούς στον Ομπότε.<ref>{{cite news |last=Keatley |first=Patrick |title=Obituary: Idi Amin |url=http://www.guardian.co.uk/news/2003/aug/18/guardianobituaries |work=The Guardian |date=18 August 2003 |accessdate=18 March 2008 }}</ref> Πέρα από τις θηριωδίες του, απέλασε την ινδική μειονότητα της χώρας (περίπου 70.000 άτομα), η οποία έλεγχε τις επιχειρηματικές δραστηριότητες, με αποτέλεσμα η οικονομία της χώρας να καταρρεύσει.<ref>[http://www.theage.com.au/news/business/uk-indians-taking-care-of-business/2006/03/07/1141701511987.html "UK Indians taking care of business"], ''The Age'' (8 March 2006). Retrieved 24 March 2013.</ref><ref>{{cite web | url=http://www.tovima.gr/culture/article/?aid=285454 | title=Ίντι Αμίν Νταντά - Ο αφρικανός Χίτλερ | publisher=Το βήμα | date=28 Αυγούστου 2009 | accessdate=6 Ιουλίου 2015}}</ref> Το 1978, η Ουγκάντα [[πόλεμος Ουγκάντας-Τανζανίας|εισέβαλε στην Τανζανία]] ώστε να προσαρτήσει την επαρχία Καγκέρα, αλλά ο στρατός της Τανζανίας απέκρουσε την επίθεση και εισέβαλε στην Ουγκάντα, με αποτέλεσμα να τερματιστεί η δικτατορία του Αμίν.
Με την πτώση του Αμίν, πρόεδρος της Ουγκάντας ορίστηκε ο [[Γκόντφρεϊ Μπιναΐσα]], αλλά σύντομα αντικαταστάθηκε από τον Μίλτον Ομπότε, ο οποίος ανατράπηκε το 1985 με πραξικόπημα από τον [[Τίτο Οκέλο]]. Όμως, ο Οκέλο ανατράπηκε ύστερα από έξι μήνες μετά από [[Εμφύλιος πόλεμος της Ουγκάντας|ανταρτοπόλεμο]] που διεξήγαγε ο Εθνικός Αντιστασιακός Στρατός. Πρόεδρος της χώρας ορίστηκε ο [[Γιουέρι Μουσέβενι]], ηγέτης του Εθνικού Αντιστασικού Στρατού.<ref name=bbcprofile/>
