Ο Ιωάννης γεννήθηκε π. το 1064 και ήταν ο δευτερότοκος γιος τούτου [[μέγας δομέστικος|μεγάλου Δομέστικουδομέστικου]] [[Ανδρόνικος Δούκας (εξάδελφος τού Μιχαήλ Ζ΄)|Ανδρόνικου]] (γιου τούτου Καίσαρος [[Ιωάννης Δούκας (καίσαρ)|Ιωάννη]]) και της [[Μαρία της Βουλγαρίας|Μαρίας Κομητοπούλου]], κόρης τούτου Τρόιαν (γιου τούτου [[Ιβάν Βλάντισλαβ της Βουλγαρίας]]). Αδέλφια του ήταν ο [[πρωτοστράτωρ]] [[Μιχαήλ Δούκας, πρωτοστράτωρ|Μιχαήλ]] πρωτοστράτωρ, η Ειρήνη, σύζυγος τούτου [[Αλέξιος Α΄ Κομνηνός|Αλεξίου Α΄ Κομνηνού]]<ref>{{harvnb|Kazhdan|1991|pp=655–656}}; {{harvnb|Polemis|1968|p=66}}; {{harvnb|Skoulatos|1980|pp=145–146}}.</ref> και η Άννα, της οποίας δισεγγονός είναι ο [[Μιχαήλ Η΄ Παλαιολόγος]].
Το 1074 στασίασε ο Νορμανδός μισθοφόρος [[Ρουσέλ ντε Μπαγιέλ]] και αιχμαλώτισε τον μεγάλο Δομέστικοδομέστικο Ανδρόνικο. Ο Ιωάννης και ο Μιχαήλ βρισκόταν στο κτήμα τούτοθ πάππου τους Καίσαρα Ιωάννη και ο Ρουσέλ τούτου ζήτησε να πάρει τους δύο αδελφούς ως ομήρους για να ελευθερώσει τον πατέρα τους Ανδρόνικο, που ήταν τραυματισμένος. Ο Καίσαρας συμφώνησε και οι δύο τους κρατήθηκαν από τον Ρουσέλ. Ο Μιχαήλ απέδρασε· παρέμεινε ο Ιωάννης, ώσπου ο Ρουσέλ νικήθηκε και αιχμαλωτίστηκε από τους Τούρκους τούτου Αρτούκ αργότερα το ίδιο έτος.<ref>{{harvnb|Kazhdan|1991|p=1184}}; {{harvnb|Polemis|1968|p=66}}; {{harvnb|Skoulatos|1980|p=146}}.</ref>
Όταν απεβίωσε ο πατέρας του το 1077, ο Ιωάννης παρέμεινε στα κτήματα τούτου πάππου του στη Θράκη και ανατράφηκε από αυτόν. Εκεί έμαθε για την εξέγερση τού Αλεξίου Α΄ εναντίον τού [[Νικηφόρος Γ΄ Βοτανειάτης|Νικηφόρου Γ΄ Βοτανειάτη]] (1070-81) και το είπε στον Καίσαρα Ιωάννη. Τότε ξεκίνησαν και προσχώρησαν στις δυνάμεις τούτου Αλεξίου Α΄ στη Σχίζα, όπου εκείνος επίσημα ανακηρύχθηκε Αυτοκράτορας.<ref name="1080s">{{harvnb|Polemis|1968|p=66}}; {{harvnb|Skoulatos|1980|p=146}}.</ref>
