Με την [[Απελευθέρωση της Ελλάδας (1944)|απελευθέρωση]], ο Ιωάννης Ράλλης συνελήφθη και δικάστηκε για [[εθνική αναξιότης|εθνική αναξιότητα]] (προδοσία) <!-- ενώπιον αντισυνταγματικού κατά την τότε γενική νομική αντίληψη, δικαστηρίου -->. ΣτηνΣτη δίκη του, (Φεβρουάριος 1945) συνήγοροί του ήταν ο γιος του και μετέπειτα πρωθυπουργός της Ελλάδας, [[Γεώργιος Ράλλης]], και ο [[Μιλτιάδης Βαρβιτσιώτης]], πατέρας του μετέπειτα πολιτικού [[Ιωάννης Βαρβιτσιώτης|Ιωάννη Βαρβιτσιώτη]]. Κατά τη διάρκεια της δίκης, οι συνήγοροι ισχυρίσθηκαν ότι ''«ο Ιωάννης Ράλλης προσέφερε τεράστιες εθνικές υπηρεσίες κατά την κατοχή ενόσω ήταν πρωθυπουργός με το να αποσοβήσει τον λιμό των Ελλήνων, δίδοντας καθημερινά ένα μισθό, ενώ έσωσε επίσης πολλούς πατριώτες από το εκτελεστικό απόσπασμα των Γερμανών και ακόμη διευκολύνοντας τη διαφυγή πολλών πολιτικών και σημαινόντων πολιτών στη [[Μέση Ανατολή]]»''. Ωστόσο, το προεδρείο δεν πείστηκε και τελικά, ο Ιωάννης Ράλλης καταδικάστηκε σε ισόβια δεσμά.
Πέθανε από [[Καρκίνος του πνεύμονα|καρκίνο του πνεύμονα]], στη φυλακή, στις [[26 Οκτωβρίου]] του [[1946]]. Έναν χρόνο μετά, ο γιος του εξέδωσε ένα βιβλίο απολογητικό για τις επιλογές του πατέρα του.
