Οι πρώτοι γνωστοί κάτοικοι της περιοχής του Παναμά φαίνεται να ήταν οι φυλές των Κουέβας και των Κοκλέ.
===Σύγχρονη εποχή===
Οι πρώτες μέρες του [[1964]] βρήκαν τον Παναμά στον πυρετό μίας μετωπικής σύγκρουσης με τις [[Η.Π.Α.]], που άρχισε σανως συμβολική «μάχη των σημαιών», κλιμακώθηκε σε αιματηρό «πόλεμο των σπουδαστών» και κορυφώθηκε σε οξύτατη πολιτικο-διπλωματική ρήξη ανάμεσα στις δύο χώρες. Όλα ξεκίνησαν στις [[9 Ιανουαρίου]] του [[1964]], όταν Αμερικανοί μαθητές του γυμνασίου του Μπαλμπόα ύψωσαν την αστερόεσσα και κατέβασαν το εθνικό έμβλημα της χώρας που τους φιλοξενούσε, στη [[Διώρυγα Παναμά|Διώρυγα του Παναμά]], αψηφώντας τη διακρατική συμφωνία του [[1963]], που επέβαλε την ταυτόχρονη έπαρση και των δύο σημαιών. Οι εξελίξεις ήταν ραγδαίες. Παναμέζοι φοιτητές ξεχύθηκαν σε χρόνο μηδέν στους δρόμους με σύνθημα «Έξω οι Γιάγκηδες», έκαψαν αμερικανικά αυτοκίνητα στη λεωφόρο Κένεντι και συγκρούστηκαν με αμερικανικές δυνάμεις καταστολής, επιφορτισμένες με τη φρούρηση της Διώρυγας, όταν αποπειράθηκαν να υψώσουν τα δικά τους εθνικά εμβλήματα. Οι συγκρούσεις κλιμακώθηκαν γρήγορα, με συνέπεια 23 άτομα να χάσουν τη ζωή τους, καθώς οι Αμερικανοί χρησιμοποίησαν γκλομπ, δακρυγόνα και σφαίρες για να αναχαιτίσουν τους διαδηλωτές. Πέτρα του σκανδάλου ήταν η στρατηγικής σημασίας Διώρυγα του Παναμά, που συνδέει τον [[Ατλαντικός Ωκεανός|Ατλαντικό]] με τον [[Ειρηνικός Ωκεανός|Ειρηνικό Ωκεανό]] και ελεγχόταν απευθείας από τον πρόεδρο των Η.Π.Α., βάσει αποικιοκρατικής συμφωνίας του [[1903]], η οποία καθιέρωσε το εξαιρετικά χαμηλό ετήσιο ενοίκιο των 250.000 δολαρίων. Η ρήξη απέκτησε πολιτικό χαρακτήρα με το διάγγελμα του προέδρου Ρομπέρτο Κιάρι, στις [[10 Ιανουαρίου]], ο οποίος ανακοίνωσε διακοπή των διπλωματικών σχέσεων με τις Η.Π.Α., διεκδίκησε την ανάκτηση του εθνικού ελέγχου της χώρας του επί της διώρυγας και αξίωσε επαναδιαπραγμάτευση του ενοικίου. Οι διπλωματικές σχέσεις μεταξύ των δύο χωρών αποκαταστήθηκαν μόνο στις [[4 Απριλίου]], έπειτα από παρέμβαση του [[Οργανισμός Αμερικανικών Κρατών|Οργανισμού Αμερικανικών Κρατών]], αλλά ο έλεγχος της διώρυγας συνέχισε να αποτελεί πυροκροτητή λαϊκών διαδηλώσεων και πολιτικών, διπλωματικών ή και στρατιωτικών κρίσεων, για πολλά χρόνια ακόμα<ref>''Αντιαμερικανική εξέγερση στον Παναμά'', Ιστορικό Λεύκωμα 1964, σελ. 116-119, Καθημερινή (1997)</ref>.
