Ιδρύθηκε το 1979, υπήρξε το πρώτο αντίστοιχο στην Ελλάδα και στόχο του αποτέλεσε η παροχή διεξόδου για συνέχιση της ενασχόλησης με τον [[Υγρός στίβος|υγρό στίβο]] στις [[Κολύμβηση|κολυμβήτριες]] πάνω των 15 ετών, ηλικία κατά την οποία σημειώνεται πλήθος αποχωρήσεων εξαιτίας έλλειψης χρόνου.<ref>Ομάδα πόλο γυναικών ίδρυσε ο Παναθηναϊκός, εφημ. ''ΤΟ ΒΗΜΑ'', 15.03.1979 [όπως το παραδίδει ο Γιάννης Σταμίρης στο ''Πανόραμα του ελληνικού αθλητισμού (Ανθολογία από τον Ελληνικό Τύπο: 1894-1990)'', Ζήτα Ιατρικές Εκδόσεις, Αθήνα 1990, σελ. 320-321]</ref> Πηγές που πραγματεύονται την ιστορία του συλλόγου αναφέρουν ίδρυση του τμήματος το 1988,<ref name="Πετρόπουλος">Πάνος Φιαμέγκος (αγωνιστικά/στατιστικά στοιχεία Νίκος Πετρόπουλος), ''Παναθηναϊκός 1908-1998 • 90 χρόνια ιστορικής πορείας'', Εκδόσεις Γ. Γεωργαλάς, Αθήνα 1998, σελ. 367</ref><ref>[http://www.palaimaxoipanathinaikou.gr/1442/ta-istorika-stichia-ton-tmimaton-tou-panathinaikou/ Τα ιστορικά στοιχεία των τμημάτων του Παναθηναϊκού], [[Γιώργος Λιβέρης]], ιστότοπος Συλλόγου Παλαιμάχων Αθλητών Παναθηναϊκού Α.Ο.</ref>, με την έναρξη δηλαδή του [[Πρωτάθλημα Ελλάδας υδατοσφαίρισης γυναικών|πρωταθλήματος Ελλάδας]] από την [[Κολυμβητική Ομοσπονδία Ελλάδας|Ελληνική Κολυμβητική Ομοσπονδία Φιλάθλων]] (ΕΚΟΦ, πλέον ΚΟΕ). Στην εναρκτήρια διοργάνωση ο Παναθηναϊκός προκρίθηκε για την τελική φάση όπου [[Πανελλήνιο πρωτάθλημα υδατοσφαίρισης γυναικών 1988#Τελική φάση|κατατάχθηκε 4ος]], ενώ τις ερχόμενες 4 αγωνιστικές περιόδους μετείχε στη νεοσυσταθείσα Α΄ Εθνική. Την περίοδο 1997-98 αγωνιζόταν στον 4ο όμιλο του πρωταθλήματος Γ΄ κατηγορίας με αντιπάλους τους ΚΟ Ηρακλείου, ΦΟΤ Χαλανδρίου, Ρόδο και Σύρο,<ref>εφημ. ''[[Αθλητική Ηχώ|ΑΘΛΗΤΙΚΗ ΗΧΩ]]'', 08.11.1997, σελ. 14</ref> χωρίς να πετύχει την πρόκριση για την τελική φάση.<ref>εφημ. ''ΑΘΛΗΤΙΚΗ ΗΧΩ'', 11.11.1997, σελ. 38</ref> Σήμερα το τμήμα παραμένει ανενεργό.
* [[Πανελλήνιο πρωτάθλημα υδατοσφαίρισης γυναικών 1988|1988]]: Πανελλήνιο, 4η θέση
