Η Μαργαρίτα παντρεύτηκε τον ΘόροςΘόρο/Θεόδωρο, δευτερότοκο γιο του [[Λέων Γ΄ της Αρμενίας]] (9 Ιανουαρίου 1288). Ο πάπας [[Πάπας Ονώριος Δ΄]] ζήτησε με επιστολή από τον επίσκοπο της Ταρσού να δώσει στο ζεύγος την απαιτούμενη γαμήλια απαλλαγή,· αυτή εκδόθηκε στις 23 Μαΐου 1286.<ref>Charles Cawley, Medieval Lands, Armenia</ref> Ο σύζυγοςσύζυγός της έγινε εστεμμένος πρίγκιπας στο [[Αρμενικό Βασίλειο της Κιλικίας]] (1289) και διαδέχθηκε στον θρόνο τον μεγαλύτερο αδελφό του [[Χετούμ Β΄ της Αρμενίας]] μετά την παραίτηση τουεκείνου (1293). Η Μαργαρίτα γέννησε σε ηλικία 14 ετών (7 Νοεμβρίου 1290) τον μεγαλύτερο γιο της [[Λέων Δ΄ της Αρμενίας]], που έγινε βασιλιάς (1303) και παρέμεινε μέχρι την δολοφονία του (7 Νοεμβρίου 1370) μαζί με τον θείο του Χετούμ Β΄ από τον Ισλαμιστή Μογγόλο στρατηγό Μπιλαργκού. Στην συνέχεια γέννησε άλλον έναν γιο με το όνομα ΒοημούνδοΒοημούνδος, αλλά η τύχη του είναι άγνωστη.<ref>Charles Cawley, Medieval Lands, Armenia</ref> Η Μαργαρίτα των Λουζινιάν πέθανε πρόωρα σε ηλικία 20 ετών (1296),. οΟ σύζυγοςσύζυγός της παντρεύτηκενυμφεύτηκε σε δεύτερο γάμο μιαμία Μογγόλα πριγκίπισσα, που το όνομα της δεν καταγράφεταικαταγράφτηκε.
