Σε κάποιες περιπτώσεις, η ταυτότητα φύλου ενός ατόμου έχει ασυνέπεια με τα χαρακτηριστικά του βιολογικού του [[φύλο|φύλου]] (γεννητικά όργανα και δευτερεύοντα γενετικά χαρακτηριστικά), με αποτέλεσμα να ντύνεται ή να συμπεριφέρεται με τρόπο που κάποιοι θεωρούν ότι δεν ταιριάζει στις κοινωνικές νόρμες των φύλων. Αυτές οι εκφράσεις φύλου περιγράφονται ως [[transgender|τρανς]] ή [[Μη-δυαδικό φύλο|genderqueer]] και τα άτομα που έχουν αυτές τις εκφράσεις ενδέχεται να υφίστανται δυσφορία φύλου.
Πολλοί άνθρωποι προσδιορίζουν τον εαυτό τους με ένα από τα δυαδικά [[κοινωνικό φύλο|κοινωνικάψυχολογικά φύλα]] (άνδρας/γυναίκα), το οποίο προκύπτει από το βιολογικό τους φύλο (αρσενικό/θηλυκό), στην οποία περίπτωση αναφέρεται ο όρος [[cisgender]]. Πριν τον [[20ος αιώνας|20ο αιώνα]], το φύλο ενός ανθρώπου καθοριζόταν αποκλειστικά από τα εξωτερικά [[γεννητικά όργανα|γεννητικά τους όργανα]], αλλά όταν τα χρωμοσώματα και τα γονίδια έγιναν γνωστά, ο καθορισμός γινόταν πλέον μέσω αυτών. Τα άτομα που εκ της ανατομίας ορίζονται ως γυναίκες, έχουν γεννητικά όργανα που θεωρούνται θηλυκά και έχουν δύο χρωμοσώματα Χ. Τα άτομα που ορίζονται ως άνδρες έχουν αρσενικά γεννητικά όργανα και έχουν ένα χρωμόσωμα Χ και ένα Υ. Ωστόσο, κάποια άτομα έχουν συνδυασμούς από αυτά τα χρωμοσώματα, ορμόνες και γεννητικά όργανα, που δεν ακολουθούν τους παραδοσιακούς ορισμούς "[[άνδρας]]" και "[[γυναίκα]]". Επιπλέον, τα γεννητικά όργανα ποικίλλουν και κάποια άτομα έχουν παραπάνω από έναν τύπο γεννητικών οργάνων. Η περίπτωση αυτή συνοψίζεται στον όρο-ομπρέλα "[[ίντερσεξ]]". Επίσης, άλλα σωματικά γνωρίσματα σχετικά με το φύλο ενός ατόμου (σωματότυπος, γένια, ψηλή ή βαθιά φωνή κτλ.) μπορεί να συμπίπτουν ή να μη συμπίπτουν με την κοινωνική κατηγορία του άνδρα ή της γυναίκας. Παραδείγματος χάρη, ένα άτομο με θηλυκά γεννητικά όργανα, με βαθιά φωνή και με γένια ίσως έχει δυσκολία να ορίσει την ταυτότητα με την οποία θα αυτοπροσδιοριστεί. Μία έρευνα αποδεικνύει ότι ένα στα 100 άτομα ίσως έχει ίντερσεξ χαρακτηριστικά. Ίντερσεξ φαινόμενα δεν παρουσιάζονται μόνο στους ανθρώπους.
