Ο Γοδεφρείδος Β΄ Βιλλεαρδουίνος πέθανε το 1246 και τάφηκε στην μονή της εκκλησίας του Αγίου Ιακώβου στην Ανδραβίδα.<ref>Cawley, Charles (2010-07-03). "Greece, Latin Lordships – Chapter 1: Achaia – B.: Princes of Achaia 1209-1278 (Villehardouin)"</ref> Τον διαδέχθηκε ο μικρότερος αδελφός του [[Γουλιέλμος Β΄ Βιλλεαρδουίνος|Γουλιέλμος Β΄]], ο κορυφαίος πρίγκιπας της Αχαΐας.
Με τη σύζυγοσύζυγό του Αγνή των Καπετιδών-Κουρτεναί, κόρη του Λατίνου αυτοκράτορα της Κωνσταντινούπολης Πέτρου, δεν απέκτησε απογόνους.
