Η σχολή των τεχνών έγινε κέντρο του κινήματος [[Χουσίτες|Χουσίτ]], και η κύρια δογματική εξουσία των Ουτρακιστών. Δεν δόθηκαν πτυχία κατά τα έτη 1417–30, κατά καιρούς υπήρχαν μόνο οκτώ ή εννέα καθηγητές.<ref name=cu11>Herbermann, Charles, ed. (1913). [[ttpshttps://en.wikisource.org/wiki/Catholic_Encyclopedia_(1913)/University_of_Prague "University of Prague".] Catholic Encyclopedia. New York: Robert Appleton Company.</ref> Από το 1541 έως το 1558 ο Τσέχος ανθρωπιστής Mattheus Collinus (1516–1566) ήταν καθηγητής της [[Ελληνική γλώσσα|Ελληνικής γλώσσας]]. <ref name=cu15>[http://libri.cz/databaze/kdo18/search.php?zp=6&name=KOL%CDN "KOLÍN (Kalina) z CHOTĚŘINY Matouš (Mattheus Collinus a Choterina)".] KDO BYL KDO v našich dějinách do roku 1918 (στα Τσέχικα).</ref> Πρόοδος σημειώθηκε ξανά όταν ο αυτοκράτορας Ρούντολφ Β εγκαταστήθηκε στην Πράγα. Το 1609 καταργήθηκε η υποχρεωτική αγαμία των καθηγητών.<ref name=cu16>[http://www.cuni.cz/UKENG-3.html "Timeline of Charles University in Prague".] Charles University. 12 Ιουνίου του 2006.</ref>
