Ο Ιωάννης Δ΄ παντρεύτηκε δύο φορές, η πρώτη του σύζυγος ήταν [[ΜπαγκρατιόνιΒαγρατίδη, σύζυγος του Ιωάννη Δ΄ της Τραπεζούντας|μία από τον Οίκο των ΜπαγκρατιόνιΒαγρατιδών-Ιβηρίας]], κόρη του [[Αλέξανδρος Α΄ της Γεωργίας|ΑλέξανδρουΑλεξάνδρου Α΄]] της Γεωργίας και η δεύτερη μιαμία πριγκίπισσα των Τουρκομάνων. Πιθανότατα από τον πρώτο του γάμο είχε τους εξής απογόνους:
* ΑλέξιοΑλέξιος (1455-1463), ο οποίος αποκεφαλίστηκε από τους Οθωμανούς στην Κωνσταντινούπολη, το 1463.
* [[Θεοδώρα Μεγάλη Κομνηνή (Δέσποινα Χατούν)|Θεοδώρα]], που παντρεύτηκε έναν Τουρκομάνο ηγεμόνα.
* [[Ευδοκία-Βελέντζα Μεγάλη Κομνηνή|Ευδοκία]], που παντρεύτηκε τον ΦράγκοΒενετό ηγεμόνα[[Νικολό Κρίσπο]], κύριο της [[Σύρος|Σύρου]] [[Νικολό Κρίσπο]].
