Ο ποδοσφαιρικός σύλλογος Παντελεήμονα καταγράφει την αγωνιστική του παρουσία από το 1928. Ο Άρης Παντελεήμονα είναι ο παλαιότερος εν ενεργεία ποδοσφαιρικός σύλλογος του νομού Κιλκίς και ιδρυτικό μέλος της Ε.Π.Σ. Κιλκίς με αριθμό μητρώου 4 και αριθμό μητρώου Ε.Π.Ο. 565.

       Μετά την ίδρυσή του εντάσσεται αμέσως στην δύναμη της Ε.Π.Σ. Μακεδονίας, καθώς προερχόταν από την πάλαι ποτέ κοινότητα της Νέας Σάντας που αυτή υπαγόταν στον νομό Θεσσαλονίκης, στην οποία παρέμεινε και μετά την ίδρυση του νομού Κιλκίς το 1935 καθώς αυτός απέκτησε δική του Ε.Π.Σ. αργότερα, το 1960.
       Από το 1928 έως και το 1955 η ποδοσφαιρική ομάδα του Άρη Παντελεήμονα αρκέστηκε σε φιλικές αναμετρήσεις δίνοντας αγώνες, εντός και εκτός έδρας, με ομάδες του νομού Κιλκίς όπως τον Άρη Κιλκίς, την Α.Ε. Κιλκίς, τον Μέγα Αλέξανδρο Κιλκίς, ομάδες που πρωταγωνίστησαν στον χώρο του Κιλκισιώτικου ποδοσφαίρου έως και το τέλος της δεκαετίας του ΄60, τον Ποντιακό Νέας Σάντας, τον Προμηθέα Αμαράντων αλλά και με ομάδες άλλων νομών, όπως της Ημαθίας (Μακροχωρίου), Φλώρινας (Ράχωβας και Αμμοχωρίου), Θεσσαλονίκης (Μέγα Αλέξανδρο, Π.Α.Ο. Διοικητηρίου, Π.Α.Ο.Κ. Εφήβους, Α.Ο.Κ. Αγίου Αθανασίου, Θεσσαλονίκη και Κεραυνό Κολχικού), προσκεκλημένη από αυτές σε πολλές περιπτώσεις καθώς η φήμη της ομάδας ήταν γνωστή σε ολόκληρη την Κεντρική Μακεδονία.
       Την περίοδο 1955-56 η ομάδα πήρε για πρώτη φορά μέρος στο πρωτάθλημα του νομού Κιλκίς με διοργανώτρια την Ε.Π.Σ. Μακεδονίας και μέχρι την περίοδο 1961-62 αγωνιζόταν στην Α΄ κατηγορία. Την πρώτη αυτή αγωνιστική περίοδο συμμετείχε μαζί με τον Άρη Κιλκίς, την Α.Ε. Κιλκίς, τον Μέγα Αλέξανδρο Κιλκίς, τον Ολυμπιακό Πολυκάστρου και τον Εθνικό Αξιούπολης. Τον τίτλο του Υπέρ-πρωταθλητή κατέκτησε η ομάδα του Άρη Κιλκίς.    
       Την 31η Ιουλίου του 1960 συμπεριλαμβάνετε στο 47ο δελτίο ΠΡΟ-ΠΟ του Ο.Π.Α.Π. αγωνιζόμενος σε αγώνα κατάταξης για την πρώτη θέση του 1ου ομίλου του νομού Κιλκίς καθώς ισοβάθμησε με την ομάδα του Ποντιακού Νέας Σάντας στην πρώτη θέση της κανονικής περιόδου. Στον κατατακτήριο αυτό αγώνα που διεξήχθη στο ουδέτερο γήπεδο του Θερμαϊκού στη Θεσσαλονίκη επικράτησε με σκορ 2-1 και ανεδείχθη πρωταθλητής. Ένα μήνα μετά στις 4 Σεπτεμβρίου του 1960 συμπεριλαμβάνετε εκ νέου σε δελτίο του Ο.Π.Α.Π. αγωνιζόμενος εκτός έδρας με την ομάδα του Απόλλωνα Ευρώπου, στα πλαίσια του πρώτου αγώνα για τον τίτλο του υπέρ-πρωταθλητή του Νομού Κιλκίς, όπου ηττάται με σκορ 3-2. Στην δεύτερη αναμέτρηση, αυτή τη φορά εντός έδρας, η ομάδα του Άρη Παντελεήμονα καταφέρνει να νικήσει με σκορ 1-0 και καθώς οι ομάδες είχαν από μια νίκη και ισοβάθμησαν και στα τέρματα με 3-3 οδηγήθηκαν και σε τρίτη αναμέτρηση. Στις 18 Σεπτεμβρίου του 1960 στο ουδέτερο γήπεδο του Θερμαϊκού στη Θεσσαλονίκη η ομάδα του Απόλλωνα Ευρώπου νικά τον Άρη Παντελεήμονα και στέφετε υπέρ-πρωταθλήτρια. 
       Μέχρι και τη δεκαετία του 60', παράλληλα με την ποδοσφαιρική ομάδα, ο σύλλογος διατηρούσε και Μουσικό-Θεατρικό τμήμα γι΄ αυτό και έχει τον τίτλο Μουσικογυμναστικός. Η έντονη δραστηριότητά του στην ευρύτερη περιοχή, με παραστάσεις σε Μελισσοχώρι, Μεσαίο κ.α., με μεταφερόμενη θεατρική σκηνή, κοστούμια, σκηνικά αλλά και συνοδευτική ομάδα μουσικών αποτέλεσε την πολιτιστική έκφραση του χωριού για πολλά χρόνια. Από το 1962 μέχρι και το 1977 ο Άρης Παντελεήμονα απείχε από τα επίσημα πρωταθλήματα της Ε.Π.Σ. Αρχικά λόγο της άνισης αντιμετώπισής του από την διαιτησία όπου μαζί με άλλες ομάδες απείχε από το πρωτάθλημα με αποτέλεσμα την αποβολή του από αυτό. Στα επόμενα χρόνια η μεταναστευτική περίοδος στην Γερμανία αλλά και η επταετία της χούντας στην Ελλάδα ήταν οι λόγοι της μη συμμετοχής της ομάδας στα πρωταθλήματα της Ε.Π.Σ. Κιλκίς. Το 1978 επανιδρύθηκε με πρόεδρο τον Γρηγόριο Φουντουκίδη και έκτοτε αγωνίστηκε σε όλες τις κατηγορίες τον τοπικών πρωταθλημάτων.
       Την αγωνιστική περίοδο 1981-82 κατακτά το πρωτάθλημα της Γ΄ κατηγορίας της Ε.Π.Σ. Κιλκίς, όπου αγωνιζόταν για τέσσερις περιόδους μετά την επανίδρυσή του, και έκτοτε αγωνίζεται στην Β΄ κατηγορία με μια εξαίρεση αυτής της περιόδου 1987-88 όπου αγωνίζεται στην Α΄ κατηγορία της Ε.Π.Σ. Κιλκίς. Το 1990 του απονέμεται το Κύπελλο Ήθους της Ε.Π.Σ. Κιλκίς, μια τιμητική διάκριση που ελάχιστες ομάδες έχουν κατακτήσει.
       Η πορεία του συλλόγου από τις αρχές τις δεκαετίας του ΄90, στη Β΄ κατηγορία της Ε.Π.Σ. Κιλκίς, έως και την περίοδο 2006-07 με την συμμετοχή του στα μπαράζ ανόδου μετά την κατάκτηση της 3ης θέσης στο πρωτάθλημα της περιόδου αυτής χαρακτηρίζεται ως στάσιμη αλλά και σταθερή.
       Σημαντικότερες μορφές του συλλόγου, στην μακρόχρονη ιστορία του, μπορούμε να αναφέρουμε τον αείμνηστο τερματοφύλακα και βασικό συντελεστή της ίδρυσης της ομάδας Ελευθεριάδη Μίμη, τον αείμνηστο Αρίσταρχο Φουντουκίδη διεθνή ποδοσφαιριστή που αγωνίστηκε στον Άρη Παντελεήμονα και διατέλεσε προπονητής σε αυτόν, Απόλλωνα Καλαμαριάς, ΜΕΝΤ, ΠΑΟΚ Θεσσαλονίκης και τον Νικολαϊδη Παντελή που αγωνίστηκε στον Άρη Παντελεήμονα και διατέλεσε προπονητής σε αυτόν, Ποντιακό Ν.Σάντας, ΠΑΟΚ Ερασιτέχνη, ΜΕΝΤ, Δόξα Περιστερίου, Μανδραϊκό Μανδρών και Αστραπή Μεσαίου. Από τους νεότερους ποδοσφαιριστές αυτός που διακρίθηκε ιδιαίτερα, φτάνοντας μέχρι και την καταξίωση σε εθνικές κατηγορίες, είναι ο Χονδρόπουλος Ηλίας που αγωνίστηκε στον Άρη Παντελεήμονα και διατέλεσε προπονητής σε αυτόν, Ποντιακό Ν.Σάντας, Κιλκισιακό και ΑΟ Σύρου.
       Τα δυο τελευταία γεγονότα που σημάδεψαν την νεότερη ιστορία του Άρη Παντελεήμονα είναι η επιστροφή του για μια αγωνιστική περίοδο το 1987-88 στην Α' κατηγορία της Ε.Π.Σ. Κιλκίς με τότε πρόεδρο τον Χονδρόπουλο Θεόδωρο και η απόκτηση site (ιστοσελίδας) στο internet (διαδίκτυο) τον Σεπτέμβριο του 2001.