Άνοιγμα κυρίου μενού

ChEMBL

χημική βάση δεδομένων των βιοενεργών μορίων με φαρμακευτικές ιδιότητες.

Το ChEMBL ή ChEMBLdb είναι μια χειροκίνητα επιμελούμενη χημική βάση δεδομένων των βιοενεργών μορίων με φαρμακευτικές ιδιότητες.[1] Συντηρείται από το Ευρωπαϊκό Ινστιτούτο Βιοπληροφορικής (EBI), του Ευρωπαϊκού Εργαστηρίου Μοριακής Βιολογίας (EMBL), που εδρεύει στο Wellcome Trust Genome Campus, στο Hinxton, Ενωμένο Βασίλειο.

Chembl logo.png
Περιεχόμενο
ΠεριγραφήΒιολογική βάση δεδομένων
ΑντικείμενοΜόρια με φαρμακευτικές ιδιότητες και βιολογική δραστικότητα
Επαφή
Ερευνητικό κέντροΕυρωπαϊκό Εργαστήριο Μοριακής Βιολογίας
ΕργαστήριοFlag of the United Kingdom.svg Ευρωπαϊκό Ινστιτούτο Βιοπληροφορικής
ΣυγγραφείςJohn Overington, Επικεφαλής της ομάδας 2008-2015
Πρώτη αναφορά21948594
Ημερομηνία έκδοσης2009
Πρόσβαση
ΙστοσελίδαChEMBL
URL λήψηςDownloads
URL υπηρεσίας ιστούChEMBL Webservices
Τελικό σημείο SparqlChEMBL EBI-RDF Platform
Εργαλεία
Διάφορα
ΆδειαΤα δεδομένα ChEMBL είναι διαθέσιμα με την γενική άδεια Creative Commons Attribution-Share Alike 3.0
ΈκδοσηChembl_21

Η βάση δεδομένων, που αρχικά ήταν γνωστή ως StARlite, αναπτύχθηκε από μια βιοτεχνολογική εταιρεία που λεγόταν Inpharmatica Ltd. Αργότερα, αγοράστηκε από την Galápagos NV. Τα δεδομένα αποκτήθηκαν για το EMBL το 2008, με αποτέλεσμα τη δημιουργία της ομάδας χημικογονιδιωματικής του ChEMBL στο EMBL-EBI, με επικεφαλής τον John Overington.[2][3]

Πεδίο και πρόσβασηΕπεξεργασία

Η βάση δεδομένων του ChEMBL περιέχει δεδομένα βιοδραστικότητας ενώσεων ως προς τα στοχευόμενα φάρμακα. Η βιοδραστικότητα αναφέρεται σε Ki, Kd, IC50 και EC50.[4] Τα δεδομένα μπορούν να φιλτραριστούν και να αναλυθούν για να αναπτυχθούν βιβλιοθήκες που θα οδηγήσουν στην ταυτοποίηση των ενώσεων κατά τη διάρκεια της ανακάλυψης του φαρμάκου.[5]

Το ChEMBL έκδοση 2 (ChEMBL_02) παρουσιάστηκε τον Ιανουάριο του 2010 και συμπεριελάμαβανε 2,4 εκατομμύρια βιολογικών μετρήσεων που κάλυπταν 622.824 ενώσεις, συμπεριλαμβάνοντας 24.000 φυσικά προϊόντα. Αυτό ελήφθη από την εξέταση πάνω από 34.000 δημοσιεύσεων μέσα από δώδεκα περιοδικά ιατρικής χημείας. Η κάλυψη των διαθέσιμων δεδομένων βιοενεργότητας από το ChEMBL έχει αναπτυχθεί ώστε να γίνει "η πιο κατανοητή που εμφανίστηκε ποτέ σε μια δημόσια βάση δεδομένων.".[2] In October 2010 ChEMBL version 8 (ChEMBL_08) was launched, with over 2.97 million bioassay measurements covering 636,269 compounds.[6]

Στο ChEMBL_10 προστέθηκαν επιβεβαιωτικές αναλύσεις του PubChem, για να ενσωματωθούν δεδομένα που είναι συγκρίσιμα με τον τύπο και τηντάξη των δεδομένων που περιέχονται στο ChEMBL.[7]

Η ChEMBLdb μπορεί να προσπελαστεί μέσω μιας διεπαφής ιστού ή να μεταφορτωθεί από το File Transfer Protocol. Είναι μορφοποιημένη με έναν τρόπο σύμφωνο με την υπολογιστική εξόρυξη δεδομένων και προσπαθεί να προτυποποιήσει ενεργότητες μεταξύ διαφορετικών εκδόσεων, για να επιτρέψει τη συγκριτική ανάλυση.[1] Το ChEMBL είναι επίσης ενσωματωμένο σε άλλες χημικές πηγές ευρείας κλίμακας, που συμπεριλαμβάνουν τα συστήματα PubChem και ChemSpider της Βασιλικής Εταιρείας της Χημείας.

Συνδεμένοι πόροιΕπεξεργασία

Πέρα από τη βάση δεδομένων, η ομάδα ChEMBL έχει αναπτύξει εργαλεία και πόρους για την εξόρυξη δεδομένων.[8] Αυτά περιλαμβάνουν το Kinase SARfari, ένα ολοκληρωμένο σύστημα χημογονιδιωματικής εστιασμένο στις κινάσες. Το σύστημα ενσωματώνει σειρές συνδέσμων, δομών, ενώσεων και διερεύνηση δεδομένων.

To GPCR SARfari είναι ένα παρόμοιο σύστημα εστιασμένο στο GPCRs και το ChEMBL-Neglected Tropical Diseases (παραμελημένες τροπικές ασθένειες) (ChEMBL-NTD) είναι ένα αποθετήριο για πρωτεύουσα εξέταση της ανοικτής πρόσβασης και τα ιατρικά-χημικά δεδομένα κατευθύνονται στις ενδημικές τροπικές ασθένειες των αναπτυσσόμενων χωρών της Αφρικής, της Ασίας και της Αμερικής. Ο κύριος σκοπός του ChEMBL-NTD είναι να παράσχει μια ελεύθερα προσβάσιμη και μόνιμη αρχειοθήκη και ένα κέντρο διανομής των κατατεθειμένων δεδομένων.[2]

Τον Ιούλιο του 2012 εκδόθηκε μια νέα υπηρεσία δεδομένων για την ελονοσία (malaria data service), που επιχορηγείται από την Medicines for Malaria Venture (MMV), που αποσκοπεί στους ερευνητές ανά τον κόσμο. Τα δεδομένα αυτής της υπηρεσίας περιλαμβάνουν ενώσεις από τα αντίστοιχα δεδομένα για την ελονοσία καθώς και από δεδομένα που βρίσκονται στο ChEMBL-NTD.

myChEMBL, Η εικονική μηχανή ChEMBL εκδόθηκε τον Οκτώβριο του 2013 για να επιτρέψει στους χρήστες την πρόσβαση σε μια πλήρη, ελεύθερη και εύκολη στην εγκατάσταση υποδομή χημειοπληροφορικής.

Τον Δεκέμβριο του 2013, οι λειτουργίες της βάσης δεδομένων ευρεσιτεχνιών του SureChem patent μεταβιβάστηκαν στο EMBL-EBI και το SureChem μετονομάστηκε σε SureChEMBL.

Το 2014 εμφανίστηκε μια εισαγωγή του νέου πόρου ADME SARfari - ενός εργαλείου για την πρόβλεψη και σύγκριση στόχων ADME διασταυρωμένων ειδών.[9]

Δείτε επίσηςΕπεξεργασία

ΠαραπομπέςΕπεξεργασία

  1. 1,0 1,1 Gaulton, A (2011). «ChEMBL: a large-scale bioactivity database for drug discovery». Nucleic Acids Research 40: D1100-7. doi:10.1093/nar/gkr777. PMID 21948594. 
  2. 2,0 2,1 2,2 Bender, A (2010). «Databases: Compound bioactivities go public». Nature Chemical Biology 309 (6): 309. doi:10.1038/nchembio.354. http://www.nature.com/nchembio/journal/v6/n5/full/nchembio.354.html. Ανακτήθηκε στις 2010-11-15. 
  3. Overington J (April 2009). «ChEMBL. An interview with John Overington, team leader, chemogenomics at the European Bioinformatics Institute Outstation of the European Molecular Biology Laboratory (EMBL-EBI). Interview by Wendy A. Warr». J. Comput. Aided Mol. Des. 23 (4): 195–8. doi:10.1007/s10822-009-9260-9. PMID 19194660. Bibcode2009JCAMD..23..195W. 
  4. Mok, N. Yi; Brenk, Ruth (Oct 24, 2011). «Mining the ChEMBL Database: An Efficient Chemoinformatics Workflow for Assembling an Ion Channel-Focused Screening Library». J. Chem. Inf. Model. 51 (10): 2449–2454. doi:10.1021/ci200260t. 
  5. Brenk, R; Schinpani, A; James, D; Krasowski, A (Mar 2008). «Lessons learnt from assembling screening libraries for drug discovery for neglected diseases». ChemMedChem 3 (3): 435–44. doi:10.1002/cmdc.200700139. 
  6. ChEMBL-og (15 November 2010), ChEMBL_08 Released, http://chembl.blogspot.com/2010/11/chembl08-released.html, ανακτήθηκε στις 2010-11-15 
  7. ChEMBL-og (6 June 2011), ChEMBL_10 Released, http://chembl.blogspot.com/2011/06/chembl-10-released.html, ανακτήθηκε στις 2011-06-09 
  8. Bellis, L J (2011). «Collation and data-mining of literature bioactivity data for drug discovery.». Biochemical Society Transactions 39: 1365–1370. doi:10.1042/BST0391365. PMID 21936816. http://www.biochemsoctrans.org/bst/039/bst0391365.htm. Ανακτήθηκε στις 2011-09-24. 
  9. Davies, M. «ADME SARfari: Comparative Genomics of Drug Metabolising Systems.». Bioinformatics. doi:10.1093/bioinformatics/btv010. http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/early/2015/01/08/bioinformatics.btv010.full.pdf+html. Ανακτήθηκε στις 2015-01-08. 

Εξωτερικοί σύνδεσμοιΕπεξεργασία