Ο Αλή Φαρμάκης ήταν Οθωμανός αγάς, αλβανικής καταγωγής, από το Λάλα Ηλείας, που έζησε πριν την Επανάσταση του 1821. Η καταγωγή του ήταν από την παλιά και ισχυρή οικογένεια των Ισμαηλαίων.

Πολέμησε εναντίον των Τούρκων από κοινού μαζί με τον Κολοκοτρώνη. Οι πρόγονοί τους ήταν αδελφοποιτοί. Κάλεσε τον Κολοκοτρώνη όταν αυτός ήταν εξόριστος στη Ζάκυνθο και του ζήτησε να τον βοηθήσει εναντίον του Βελή πασά της Πελοποννήσου, γιου του Αλή Πασά. Ο Αλή Φαρμάκης κυριαρχούσε στην περιοχή από τον πύργο του, τον οποίο είχε κτίσει στο χωριό Μοναστηράκι της Γορτυνίας.

Όταν το 1807 ο Βελής πασάς ανέλαβε τη διοίκηση της Πελοποννήσου αποφάσισε να περιορίσει την ισχύ των τοπικών Οθωμανών και Ελλήνων γαιοκτημόνων. Ειδικότερα, αποφάσισε να εξοντώσει τον Αλή Φαρμάκη με την πρόφαση ότι ένας συγγενής του Φαρμάκη σκότωσε έναν σωματοφύλακά του. Ο Κολοκοτρώνης δεν γνώριζε προσωπικά τον Αλή Φαρμάκη, αλλά δέχθηκε να τον βοηθήσει σε περίπτωση που ο Βελή Πασάς του επιτίθετο, βάσει της παλιάς φιλίας των παππούδων τους.

Έτσι και έγινε. Επί 64 ημέρες ο Φαρμάκης αμυνόταν με 120 περίπου άνδρες από τον Πύργο, ενώ οκτώ χιλιάδες άνδρες τον πολιορκούσαν. Η πολιορκία που κράτησε ένα μήνα, τα υπονομευτικά έργα, οι κανονιοβολισμοί του Βελή και οι αντεπιθέσεις πέρασαν στη λαϊκή παράδοση από τα δημοτικά τραγούδια. Εν τέλει, την 65η ημέρα, ο Ισμαήλ Πασόμπεης που είχε αντικαταστήσει τον Βελή Πασά πρότεινε να λύσει την πολιορκία, ενώ υποσχέθηκε να μην ανατινάξει τον πύργο και να δώσει ομήρους δια να εξασφαλισθεί ο Κολοκοτρώνης να φύγει ανενόχλητος στη Ζάκυνθο. Όρισε όμως, ο Αλή Φαρμάκης να πάει στην Τρίπολη να προσκυνήσει τον Βελή αφού πρώτα εξασφάλισε την ασφαλή μετάβαση του Κολοκοτρώνη στη Ζάκυνθο.

Ο Αλή Φαρμάκης με την πρόφαση ότι θα έφερνε τον Κολοκοτρώνη κατέφυγε και αυτός στη Ζάκυνθο. Τότε ο Φαρμάκης και ο Κολοκοτρώνης συνεννοήθηκαν να ιδρύσουν ανεξάρτητο κράτος υπό την υποστήριξη του Ναπολέοντα Α΄ με ισοπολιτεία χριστιανών και μουσουλμάνων, με την αιτιολογία της συμπεριφοράς του Βελή πασά. Την υπόσχεση αυτή έδωσε ο στρατηγός Δονζελότ διοικητής της Επτανήσου. Τα σχέδια αυτά ματαιώθηκαν, όταν το 1809 η Ζάκυνθος καταλήφθηκε από τους Άγγλους. Ο Φαρμάκης και ο Κολοκοτρώνης συμμετείχαν στην κατάληψη της Λευκάδας από τους Άγγλους.

Ο Κολοκοτρώνης περιγράφει το τέλος του Αλή Φαρμάκη από ασθένεια ως εξής:

Ὁ Ἀλὴ Φαρμάκης εἶχε 40 χρόνους, μαυρουδερὸς καὶ κίτρινος καὶ δι᾿ αὐτὸ τὸν ἔλεγαν φαρμάκη, κοντότερός μου, λιανός, πολλὰ φρόνιμος, πιστός, σιωπηλός, θυμώδης. Ἀπέθανε εἰς τοῦ Λάλα, ἀρρώστησε στὴν Ζάκυνθο ἀπὸ λυσεντερία. Οἱ συγγενεῖς του ἔκαμαν νὰ τοῦ δοθεῖ ἡ ἄδεια τοῦ Ἀλῆ Φαρμάκη διὰ νὰ ἔλθει εἰς τοῦ Λάλα. Οἱ Ἄγγλοι ἔστειλαν ἕνα ἰατρὸν καὶ ἀφοῦ εἶδαν ὅτι ἀποθνήσκει, τότε τοῦ ἔδωσαν τὴν ἄδεια νὰ ἔβγει ἔξω εἰς τὸν Μορέα, διότι οἱ Ἄγγλοι, ὄντες φίλοι μὲ τὸν Ἀλὴ πασὰ, δὲν ἤθελαν νὰ δώσουν τὴν ἄδεια νὰ ὑπάγει εἰς τὸν Μορέα, διὰ νὰ μὴ δυσαρεστήσουν τὸν Ἀλὴ πασὰ. Ἀφοῦ ἔμαθα ὅτι ἀπέθανε, ἐβγῆκα εἰς τὸν Μορέα καὶ ἐπῆγα εἰς τοῦ Λάλα διὰ νὰ παρηγορήσω τὴν φαμιλιάν του.