Στις ιεραρχικές Χριστιανικές εκκλησίες, και κυρίως στις Ανατολικές Ορθόδοξες εκκλησίες, η αυτοκεφαλία είναι το καθεστώς μιας ιεραρχικής εκκλησίας της οποίας ο αρχιεπίσκοπος δεν υποβάλει αναφορά σε κάποιον άλλον προκαθήμενο επίσκοπο. Όταν μία Οικουμενική Σύνοδος ή ένας προκαθήμενος επίσκοπος (όπως για παράδειγμα ένας πατριάρχης ή άλλος προκαθήμενος), αποδεσμεύει μια εκκλησιαστική επαρχία από την εξουσία του και η καινούρια ανεξάρτητη εκκλησία είναι σε πλήρη κοινωνία με την ιεραρχία στην οποία δεν ανήκει πια, τότε η Σύνοδος ή ο προκαθήμενος χορηγεί αυτοκεφαλία. Ενώ η Αυτοκεφαλία ταυτίζεται με την έννοια της αυτοδιοίκησης, στην πραγματικότητα σημαίνει αυτο-κέφαλη, δηλαδή ότι ηγείται του εαυτού της, ενώ Αυτόνομη κυριολεκτικά σημαίνει ότι νομοθετεί για τον εαυτό της. Με την ευρύτερη έννοια του όρου, όλες οι τοπικές εκκλησίες μπορούν να λέγονται Χριστοκέφαλες, ακόμη κι αν αναφέρουν σε κάποια ανώτερη επίγεια εξουσία.

Ένα ενδιάμεσο στάδιο είναι η αυτονομία. Ο ανώτερος επίσκοπος μιας αυτόνομης εκκλησίας, για παράδειγμα ο αρχιεπίσκοπος ή ο μητροπολίτης, δίνει λόγο στον Πατριάρχη της μητέρας εκκλησίας, ο οποίος επικυρώνει και την εκλογή του αλλά σε όλα τα υπόλοιπα θέματα ισχύει το αυτοδιοίκητο από την Ιεραρχία της. Παράδειγμα αποτελούν η αυτόνομη Ουκρανική Ορθόδοξη Εκκλησία (Πατριαρχείο Μόσχας), η αυτόνομη Ορθόδοξη Εκκλησία της Εσθονίας, η Ορθόδοξη Αυτόνομη Εκκλησία της Φινλανδίας και η ημιαυτόνομη Εκκλησία της Κρήτης.