Ο Αγαθαρχίδης με το έργο του αναβάθμισε τον ρόλο της εθνογραφίας, την οποία θεωρούσε βάση της ιστορίας και όχι εργαλείο της γεωγραφίας. Θεωρούσε ότι ο πολιτισμός είχε βλαπτική επίδραση στους αυτόχθονες γηγενείς λαούς στους οποίους επιβαλλόταν. Έτσι εναντιωνόταν έμμεσα στην πτολεμαϊκή πολιτική ενώ ήταν ήταν αντίθετος και στην επεκτατική πολιτική της [[Ρωμαϊκή Δημοκρατία|Ρωμαϊκής Δημοκρατίας]].<ref name=eme/>
Ήταν οπαδός της αριστοτελικής περιπατητικής σχολής καιΩς πολέμιος του [[ασιανισμόςΑσιανιισμός (ρητορική)|ασιανικού ύφουςασιανισμού]]., Αντίθεταο μεοποίος έδινε το τελευταίοπροβάδισμα στη [[ρητορική]], ο Αγαθαρχίδης έδινε το προβάδισμα στη φιλοσοφία. και γιΓι αυτό έγινευπήρξε πρόδρομοςένας από τους προδρόμους της διαμάχης μεταξύ φιλοσοφίας και ρητορικής,ηπου οποίατάραξε συνετάραξετα τοννερά πνευματικότου κόσμοπνευματικού κατάκόσμου τοστο τέλος του 2ου και στονκατά 1οτη διάρκεια του 1ου αι. π.Χ. Στη φιλοσοφία όμως δεν τον ενδιέφερε η [[μεταφυσική]] αλλά αναζητούσε σε αυτή το εργαλείο ταξινόμησης μεγάλων όγκων από εμπειρικά συλλεγμένα δεδομένα. Στις αναλυτικές περιγραφές του των πρωτόγονων λαών, διαφαίνονται συχνά οι επιρροές της φιλοσοφίας των [[Επίκουρος|Επικουρείων]]. Ως πολέμιος του ασιανισμού, που έδινε το προβάδισμα στη [[ρητορική]], υπήρξε ένας από τους προδρόμους της διαμάχης μεταξύ φιλοσοφίας και ρητορικής που τάραξε τα νερά του πνευματικού κόσμου στο τέλος του 2ου και κατά τη διάρκεια του 1ου αι. π.Χ.<ref name=eme/>
