Οι απόπειρες συμφιλίωσης ανηψιού και θείου μετά το θάνατο του Ιωάννη Ε' (1391) δε δτέφτηκανστέφτηκαν από επιτυχία, μέχρι που, το [[1403]], συνομολογήθηκε ο μεν Μανουήλ Β' να αναλάβει τη διοίκηση της πρωτεύουσας, ο δε Ιωάννης να ελέγχει την περιοχή της [[Θεσσαλονίκη|Θεσσαλονίκης]] ως ''«ἒξαρχος πάσης Θετταλίας»''. Εκεί παρέμεινε για πέντε χρόνια ακόμη, έως δηλαδή το θάνατό του το [[1408]], που έδωσε τέλος στην τριαντάχρονη αλληλομαχία της οικογένειας.
