[[Αρχείο:Pammakaristos Church christ.jpg|μικρογραφία|δεξιά|250px|Ο Χριστός Υπεράγαθος, ψηφιδωτό της κόγχης του παρεκκλησίου]]
Το μοναστικό σύμπλεγμα αποτελούνταναπετελείτο από δύο ναούς, οι οποίοι είχαν οικοδομηθεί στη βόρεια πλευρά ενός τειχισμένου προαυλίου, καθώς επίσης και από κελιά, χώρους υποδοχής, γραφεία, κλπ. Το σωζόμενο έως σήμερα καθολικό της Μονής και το παρεκκλήσι παρουσιάζουν ιδιαίτερο ενδιαφέρον, καθώς πρόκειται για αντιπροσωπευτικά δείγματα της εκκλησιαστικής αρχιτεκτονικής του 13ου αιώνα.
Η εκκλησία ανήκει στον τύπο του μονόχωρου τρουλαίου ναού με περιμετρικό διάδρομο. Ο κεντρικός τρούλος στηρίζεται σε τέσσερις πεσσούς, ενώ η κόγχη του ιερού καταστράφηκε κατά τη μετατροπή του ναού σε τέμενος. Κατά τα έτη [[1314]]-[[1315]], η Μαρία (μοναχή Μάρθα), χήρα του κτίτορακτήτορα Μιχαήλ Γλαβά Δούκα Ταρχανιώτη, πρόσθεσε το ταφικό παρεκκλήσιο στα νότια, το οποίο είναι αφιερωμένο στο [[Ιησούς Χριστός|Χριστό]] και ανήκει στο σύνθετο σταυροειδή εγγεγραμμένο τύπο με τρούλο και νάρθηκα. Στο εσωτερικό του παρεκκλησίου υπήρχαν τοιχογραφίες αγίων και πατέρων της Εκκλησίας.
Τα ψηφιδωτά που διασώζονται συντηρήθηκαν από το Αμερικανικό Βυζαντινό Ινστιτούτο. Στην κόγχη του ιερού εικονίζεται ο «Χριστός Υπεράγαθος» (φωτοφωτογρ. δεξιά), ένθρονος, κρατώντας με το αριστερό χέρι Ευαγγέλιο και ευλογώντας με το δεξί. Δεξιά και αριστερά Του, η [[Θεοτόκος]] και ο Ιωάννης ο Πρόδρομος σχηματίζουν τη «Δέηση», ενώ εκατέρωθεν αυτής εικονίζονται οι Αρχάγγελοι Γαβριήλ και Μιχαήλ. Στον τρούλο απεικονίζεται ο Χριστός Παντοκράτορας (φωτοφωτογρ. δεξιά), περιβαλλόμενοςπεριβαλόμενος από δώδεκα προφήτες της [[Παλαιά Διαθήκη|Παλαιάς Διαθήκης]].
Στο δεξιό χορό, από τις σκηνές του Δωδεκάορτου που υπήρχαν εκεί, διασώζεται μόνο η Βάπτιση. Τέλος, σε μια εσοχή του νάρθηκα απεικονίζονται οι Τρεις Μάγοι να προσφέρουν τα δώρα τους στο νεογέννητο Χριστό.
