Το 2008-2009 ξεκίνησε, μέσα σε αντιδράσεις, το σχέδιο εξυγίανσης του ΟΣΕ.<ref>{{Cite web|url=https://m.naftemporiki.gr/story/197682/sxedio-anasugkrotisis-tou-ose|title=Σχέδιο ανασυγκρότησης του ΟΣΕ {{!}} naftemporiki.gr|website=m.naftemporiki.gr|language=el|accessdate=2019-04-04}}</ref> ΕπρόκειτοΣύμφωνα με τον Χατζηδάκη επρόκειτο για μια εταιρεία που ήταν τρεις φορές πιο ελλειμματική από την Ολυμπιακή. Σύμφωνα με στοιχεία που είχαν δημοσιευθεί για το 2007, για κάθε 1 ευρώ έσοδα είχε 9,5 ευρώ έλλειμμα, ενώ είχαν καταγραφεί 950 εκατ. ευρώ ζημίες μόνο για το έτος εκείνο., Μόνοενώ η δαπάνη για τους μισθούς ήταν τέσσερις φορές μεγαλύτερη από τα έσοδα.<ref name=":1">{{Cite book|title=Μεταρρυθμίσεων Ανάβασις: Ευρωπαίοι εξ ανάγκης ή εκ πεποιθήσεως;|first=Κωστής|last=Χατζηδάκης|isbn=978-960-02-3459-6|year=2018|location=Αθήνα|page=241}}</ref>
Στις 12 Αυγούστου του 2008, παρουσιάστηκε από τον Χατζηδάκη, το πλάνο ανασυγκρότησης του ΟΣΕ,στηριζόμενομε σε τέσσερις άξονες:προτάγματα την ασφάλεια, τη διαφάνεια, την εξυγίανση και την ανάπτυξη.<ref name=":1" /> Τα μέτρα του σχεδίου άρχισαν να εφαρμόζονται ταχέως, καθώςμέσω ήδητου με τον νόμονόμου 3710/2008 τέθηκαν οι βάσεις για να πάρουν σάρκα και οστά ορισμένες από τις δεσμεύσεις:. Η συνεργασία με τους γαλλικούς σιδηρόδρομους στα θέματα ασφάλειας είχε ξεκινήσει και ο εταιρικός μετασχηματισμός του ΟΣΕ σε νομικό επίπεδο ολοκληρώθηκε τον Δεκέμβριο του 2008, πριν παραδώσει το υπουργείο Μεταφορών ο Κωστής Χατζηδάκης στον κυβερνητικό ανασχηματισμό του Ιανουαρίου 2009.
Η κυβέρνηση του [[Πανελλήνιο Σοσιαλιστικό Κίνημα|ΠΑΣΟΚ]], που εκλέχτηκε τον Οκτώβριο του 2009, και ως αντιπολίτευση είχε αντιταχθεί στο σχέδιο εξυγίανσης του ΟΣΕ, πάγωσε από τον Οκτώβριο του 2009 σχεδόν για ένα χρόνο το πρόγραμμα εξυγίανσης, το οποίο μπήκε και πάλι σε τροχιά υπό την πίεση της τρόικας.<ref>Ibid.</ref> Η εξυγίανση του ΟΣΕ έμελλε να συνεχιστεί από την επόμενη κυβέρνηση της Νέας Δημοκρατίας, υπό τον Αντώνη Σαμαρά.
