Η διατριβή του αποτέλεσε τη βάση του έργου αναφοράς ''[[Στέμμα και Σβάστικα]], Η Ελλάδα της Κατοχής και της Αντίστασης 1941-44''. Πρόκειται για την πρώτη ολοκληρωμένη μελέτη που πραγματοποιήθηκε για την [[Κατοχή]].{{πηγή}} Ο [[Αντώνης Λιάκος]] πιστώνει στο έργο αυτό του Φλάισερ την εκκαθάριση του πεδίου έρευνας της δεκαετίας του 1940 από την "πυκνή βλάστηση αγνοήσεων, παρανοήσεων, αποκρύψεων, παραπλανήσεων, δοξασιών, μύθων".<ref>{{cite book|last=Λιάκος|first=Αντώνης|chapter=Αντάρτες και συμμορίτες στα ακαδημαϊκά αμφιθέατρα|title=Η Ελλάδα '36-49. Από τη Δικτατορία στον Εμφύλιο. Τομές και συνέχειες|year=2003|location=Αθήνα|publisher=Καστανιώτης|page=31}}.</ref> Το 1980, ήταν ο πρώτος ιστορικός που δίδαξε σε ελληνικό Πανεπιστήμιο (στην Αθήνα, και κυρίως στην Κρήτη 1981-1991, και πάλι στην Αθήνα), ανάμεσα σε άλλες θεματικές, την ευαίσθητη ιστορία της αιματηρής δεκαετίας του ’40. Μετά το πρώτο συνέδριο εντός Ελλάδας για την [[Καθεστώς της 4ης Αυγούστου|4η Αυγούστου]] και την Κατοχή (1984), ήταν επίσης ο κύριος οργανωτής του πρώτου συνεδρίου για τον [[ελληνικός Εμφύλιος Πόλεμος 1946-1949|Εμφύλιο]] (1995), που συνεξέταζε μάλιστα τις τρεις περιόδους ανωμαλίας μεταξύ 1936-1949, τις συνέχειες και τις ασυνέχειές τους.
''Οι πόλεμοι της μνήμης, Ο Β’ Παγκόσμιος Πόλεμος και η δημόσια ιστορία'' είναι ένα από τα βιβλία του στα οποία ανατέμνει τις αλλαγές στον τρόπο με τον οποίο καθεμιά από τις εμπλεκόμενες (ακόμη και τις ουδέτερες) χώρες θυμάται, εξιστορεί και ερμηνεύει τις πτυχές του Β’ Παγκοσμίου Πολέμου. Το 2010, κατά το ταξίδι μνήμης στους μνημονικούς τόπους που πραγματοποίησε με ομάδα φοιτητών του στη Γερμανία, γυρίστηκε ταινία με θέμα την προσφορά του στην ιστορική επιστήμη ("Ο Χάγκεν Φλάισερ και οι πόλεμοι της μνήμης").
