To Κύπελλο Ελλάδος καλαθοσφαίρισης ανδρών 1985-86 ξεκίνησε με τους αγώνες της πρώτης φάσης, τους οποίους διοργάνωσαν οι τοπικές ενώσεις και μετείχαν εκατοντάδες σύλλογοι των τοπικών πρωταθλημάτων. Η Ελληνική Ομοσπονδία Καλαθοσφαίρισης ανέλαβε τη διοργάνωση από τη Β΄ φάση, στην οποία εντάχθηκαν και οι ομάδες της Β΄ Εθνικής. Διεξήχθη σε τρεις αγωνιστικές και έγινε ξεχωριστή κλήρωση για τις ομάδες του βόρειου και του νότιου ομίλου. Από την 3η αγωνιστική (φάση των 32) μετείχαν και οι ομάδες της Α΄ Εθνικής. Από τη Γ΄ φαση (των 16) η κλήρωση έγινε πανελλήνια. Ο τελικός διεξήχθη στις 23 Απριλίου1986 στο Στάδιο Ειρήνης και Φιλίας, με αντιπάλους τον Παναθηναϊκό και τον Ολυμπιακό[1]. Το κύπελλο Ελλάδος κατέκτησε ο Παναθηναϊκός για τέταρτη φορά στην ιστορία της διοργάνωσης.