To Κύπελλο Ελλάδος καλαθοσφαίρισης ανδρών 1986-87 ξεκίνησε με τους αγώνες της πρώτης φάσης, τους οποίους διοργάνωσαν οι τοπικές ενώσεις και μετείχαν εκατοντάδες σύλλογοι των τοπικών πρωταθλημάτων. Η Ελληνική Ομοσπονδία Καλαθοσφαίρισης ανέλαβε τη διοργάνωση από τη Β΄ φάση, στην οποία εντάχθηκαν και οι ομάδες της Β΄ Εθνικής. Έγινε ξεχωριστή κλήρωση για τις ομάδες του βόρειου και του νότιου ομίλου, όπως και στην Γ΄ φάση (των 32), όπου μετείχαν και οι ομάδες της Α΄ Εθνικής. Από τη Δ΄ φαση (των 16) η κλήρωση έγινε πανελλήνια. Ο τελικός διεξήχθη στις 15 Απριλίου1987 στο Στάδιο Ειρήνης και Φιλίας, με αντιπάλους τον Πανελλήνιο και τον Άρη[1]. Το κύπελλο Ελλάδος κατέκτησε ο Άρης Θεσσαλονίκης για δεύτερη φορά στην ιστορία της διοργάνωσης.