Το τρίο ξεκινά το ταξίδι του για το κυνήγι των Πεμπτουσιωτών και την εξόντωση του Βόλντεμορτ. Πριν από αυτό, η Ερμιόνη για να προστατεύσει την οικογενειά της, διαγράφει τη μνήμη των γονιών της ώστε να μην ξέρουν οτι έχουν κόρη και τους εμφυτεύει την επιθυμία να μεταναστεύσουν στην Αυστραλία. Το Υπουργείο, διοικούμενο πλέον από τον Βόλντεμορτ και τους υποστηρικτές του, επικηρύσσει όσους μαθητές δεν επέστρεψαν στο σχολείο και τους γεννημένους από Μαγκλ και η Ερμιόνη βρίσκεται και στις δύο λίστες. Μετά την επίθεση Θανατοφάγων στον γάμο τους Μπίλ και της Φλερ, ο Χάρι ο Ρον και η Ερμιόνη ξεφεύγουν στον κόσμο των Μαγκλ και έπειτα την Γκρίμοντ Πλεις όπου καταστρώνουν ένα σχέδιο να εισβάλλουν στο Υπουργείο για να κλέψουν έναν από τους Πεμπτουσιωτές. Η Ερμιόνη κάνοντας ένα πολύ απαιτητικό ξόρκι επιμήκυνσης καταφέρνει να χωρέσει όλα όσα χρειάζονται (ρούχα, βιβλία,φίλτρα) σε ένα μικτό τσαντάκι. Η εισβολή στο Υπουργείο πάει καλά σε γενικές γραμμές αλλά οι Θανατοφάγοι ανακαλύπτουν το αρχηγείο της Γρίμοντ Πλέις, οπότε η Ερμιόνη διακτινίζεται μαζί με τα αγόρια σε ένα δάσος και κατασκηνώνουν εκεί. Αρχίζουν να μετακινούνται από μέρος σε μέρος κυνηγημένοι από τον Βόλντεμορτ, το Υπουργείο και Κεφαλοκυνηγούς.


Όταν ο Ρον εγκαταλείπει την αποστολή μετά από έναν έντονο καυγά με τον Χάρι, η Ερμιόνη γίνεται ράκος συναισθηματικά και κλαίει για εβδομάδες. Μαζί με τον Χάρι επισκέπτονται το Γκόντρικς Χόλοου, οπου δέχονται επίθεση από τη Ναγκίνι. Η Ερμιόνη σώζει τη ζωή του Χάρι, αλλά σπάει το ραβδί του.


Ο Ρον επιστρέφει αλλά η Ερμιόνη είναι θυμωμένη μαζί του. Το τρίο επισκέπτεται τον Ξενοφίλιο Λαβγουντ, όπου μαθαίνουν για τους κλήρους του θανάτου και τη σύνδεσή τους με την Ιστορία των Τριών Αδελφών.


Το τρίο αιχμαλωτίζεται από Κεφαλοκυνηγούς και οδηγείται στο Μέγαρο Μαλφόι. Η Ερμιόνη βασανίζεται απάνθρωπα από την Μπέλατριξ για να της αποκαλύψει που βρήκαν το σπαθί και επινοοεί μια ψεύτικη ιστορία. Σώζεται από τον Χάρι και τον Ρον, μαζί με την επέμβαση του Ντόμπι, το ξωτικό όμως πεθαίνει.


Η Ερμιόνη βρίσκει πάνω της μια τρίχα της Μπέλατριξ και πίνοντας το πολυχημικό φίλτρο, παίρνει την μορφή της ώστε να διαρρήξουν την θυρίδα της στην Γκρίνγκοτς όπου βρίσκεται άλλος ένας πεμπτουσιωτής. Καταφέρνουν να ξεφύγουν πάνω σε έναν ιπτάμενο δράκο.


Το τρίο επιστρέφει στο Χόγκουαρτς για να βρει έναν ακόμα Πεμπτουσιωτή. Η Ερμιόνη καταστρέφει το κύπελο της Χάφλπαφλ με τη βοήθεια του Ρον στην Κάμαρα με τα Μυστικά. Αργότερα, συγκινημένη από την ευαισθησία του Ρον να προστατέψει τα σπιτικά ξωτικά που ζουν στο κάστρο,