Η πυριμιδίνη είναι μία από τους δύο τύπους βάσεων, ετεροκυκλικής αρωματικής οργανικής ένωσης, που βρίσκονται στα νουκλεϊκά οξέα και έχουν δομή απλού δακτυλίου, όπως είναι η κυτοσίνη και η θυμίνη και η ουρακίλη.

Συντακτικός τύπος της θυμίνης, μιας από τις πυριμιδίνες.

Οι πυριμιδίνες σχηματίζουν πάντα ζεύγη με τις πουρίνες στους δύο κλώνους του DNA, εξασφαλίζοντας έτσι ένα μόριο με παράλληλες πλευρές. Σημειώνεται πως η κυτοσίνη και η θυμίνη περιλαμβάνονται στο DNA, ενώ το RNA περιέχει μόνο κυτοσίνη και ουρακίλη.