Αρχική σελίδα Cytoscape (έκδοση 3.5.0)

Το Cytoscape είναι πλατφόρμα λογισμικού βιοπληροφορικής για την απεικόνιση δικτύων μοριακής αλληλεπίδρασης και την ενσωμάτωση με προφίλ γονιδιακής έκφρασης και άλλα δεδομένα κατάστασης. Πρόσθετες λειτουργίες είναι διαθέσιμες ως plug-ins. Τα plug-ins είναι διαθέσιμα για αναλύσεις δικτύου και μοριακών προφίλ, νέες διατάξεις, πρόσθετη υποστήριξη μορφής και σύνδεσης αρχείων με βάσεις δεδομένων και αναζήτηση σε μεγάλα πρωτεϊνικά δίκτυα. Τα plug-ins μπορούν να αναπτυχθούν χρησιμοποιώντας το λογισμικό του Cytoscape με αρχιτεκτονική Java [1][2].

Το Cytoscape διαθέτει επίσης ένα συγγενικό πρόγραμμα με όνομα Cytoscape.js το οποίο μπορεί να χρησιμοποιηθεί για την ανάλυση και την απεικόνιση γραφημάτων σε περιβάλλοντα JavaScript, όπως ένα πρόγραμμα περιήγησης.

ΠαραπομπέςΕπεξεργασία

  1. Shannon, Paul; Markiel, Andrew; Ozier, Owen; Baliga, Nitin S.; Wang, Jonathan T.; Ramage, Daniel; Amin, Nada; Schwikowski, Benno και άλλοι. (2003-11-01). «Cytoscape: a software environment for integrated models of biomolecular interaction networks». Genome Research 13 (11): 2498–2504. doi:10.1101/gr.1239303. ISSN 1088-9051. PMID 14597658. PMC PMC403769. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/14597658. 
  2. Bell, George W.; Lewitter, Fran (2006-01-01). «Visualizing networks». Methods in Enzymology 411: 408–421. doi:10.1016/S0076-6879(06)11022-8. ISSN 0076-6879. PMID 16939803. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16939803.