Στην αρχαιότητα, η Μπισκέκ ήταν μία από τις στάσεις για τα καραβάνια, όπως και για τον Δρόμου του Μεταξιού. Το 1825 η πόλη οχυρώθηκε από Ουζμπέκους. Ένας θρύλος της Κιργιζίας αναφέρει πως σε αυτή την πόλη θάφτηκε ο ήρωας Μπισκέκ, που πολέμησε για την Ανεξαρτησία της χώρας τον 18ο αιώνα και, ίσως, προήλθε από αυτόν το όνομα της πόλης. Το 1862, η πόλη περιήλθε στα χέρια της Ρωσικής Αυτοκρατορίας. Η πόλη έγινε Ρώσικο φρούριο και μετονομάστηκε σε Πισπέκ από το 1877 και ύστερα. Το 1926, η Μπισκέκ έγινε πρωτεύουσα του νεοϊδρυθέντος Κιργίζιου Αυτόνομου Σοβιετικού Κράτους και μετονομάστηκε σε Φρούνζε, προς τιμή του Μιχαήλ Φρούνζε, ο οποίος ήταν ένας από τους πιο κοντινούς συνεργάτες του Λένιν, ο οποίος γεννήθηκε στην πόλη αυτή και έπαιξε σημαντικό ρόλο στην Ρωσική Επανάσταση. Η δεκαετία του 1990 ήταν γεμάτη με σημαντικά γεγονότα για την πόλη αλλά και για την Κιργιζία. Στις αρχές της δεκαετίας, η πόλη κηρύχθηκε σε κατάσταση εκτάκτου ανάγκης, ύστερα από διαδηλώσεις στα νότια της χώρας που κατευθύνονταν προς την πρωτεύουσα. Στις 5 Φεβρουαρίου 1991, η πόλη μετονομάστηκε σε Μπισκέκ και, λίγους μήνες αργότερα, η Κιργιζία έγινε ανεξάρτητη χώρα έπειτα από τη διάλυση της Σοβιετικής Ένωσης. Πριν από αυτό το συμβάν, το 20% του πληθυσμού της πόλης ήταν Ρώσοι. Το 2002, η Αμερικανοί πήραν άδεια από το Κιργίζιο κράτος και εγκατέστησαν μια αεροπορική βάση στο Διεθνές Αεροδρόμιο Μανάς, προκειμένου να λειτουργήσει για τις πολεμικές επιχειρήσεις στους πολέμους του Ιράκ και του Αφγανιστάν.