Πρωτεΐνωμα
Με τον όρο πρωτεΐνωμα (εσφαλ. πρωτέωμα από το αγγλικό proteome) ονομάζεται το σύνολο των πρωτεϊνών σε έναν ζωντανό οργανισμό, έναν ιστό, ένα σύνολο κυττάρων ή ακόμα και σε ένα μεμονωμένο κύτταρο[1] κάτω υπό ακριβείς συνθήκες και σε συγκεκριμένο χρόνο.
Στα βακτηριακά κύτταρα, το πρωτεΐνωμα περιλαμβάνει περίπου 1.000 έως 10.000 διαφορετικούς τύπους πρωτεϊνικών μορίων, ανάλογα με το είδος. Στους ανθρώπους (βλ. «ανθρώπινο πρωτεΐνωμα») υπολογίζεται ότι εμπλέκονται μεταξύ 500.000 και 1.000.000 πρωτεϊνικά είδη.
Μέγεθος και περιεχόμενο
ΕπεξεργασίαΤο πρωτεΐνωμα μπορεί να είναι μεγαλύτερο από το γονιδίωμα, ειδικά σε ευκαρυωτικά κύτταρα, καθώς περισσότερες από μία πρωτεΐνες μπορούν να παραχθούν από ένα γονίδιο (π.χ. το ανθρώπινο πρωτεΐνωμα αποτελείται από 92.179 πρωτεΐνες από τις οποίες 71.173 είναι παραλλαγές άλλων).[2] Από την άλλη πλευρά, αρκετά γονίδια δεν μεταφράζονται στις πρωτεΐνες και πολλά γνωστά γονίδια κωδικοποιούν μόνο το RNA που είναι το τελικό λειτουργικό προϊόν. Επιπλέον, το πλήρες μέγεθος των πρωτεϊνωμάτων ποικίλει ανάλογα με το βασίλειο ζωής. Για παράδειγμα, οι ευκαρυώτες, τα βακτηρίδια, τα αρχαία και οι ιοί έχουν κατά μέσο όρο 15.145, 3.200, 2.358 και 42 πρωτεΐνες αντίστοιχα κωδικοποιημένες στα γονιδιώματά τους.[3]
Ο όρος «σκοτεινό πρωτεΐνωμα» που δημιουργήθηκε από τον Περντιγκάο και τους συνεργάτες του ορίζει περιοχές πρωτεϊνών που δεν έχουν ανιχνεύσιμη ομολογία αλληλουχίας με άλλες πρωτεΐνες γνωστής τρισδιάστατης δομής και συνεπώς δεν μπορούν να μοντελοποιηθούν με ομολογία. Για 546.000 πρωτεΐνες Σουίς-Προτ, το 44-54% του πρωτεϊνώματος σε ευκαρυωτικά κύτταρα και ιούς βρέθηκε να είναι «σκοτεινό», σε σύγκριση με μόλις ~ 14% στα αρχαία και τα βακτήρια.[4]
Δείτε επίσης
Επεξεργασία- Γονιδίωμα, σύνολο γονιδίων και μη κωδικοποιητικού DNA
- Μεταγράφωμα, σύνολο μεταγράφων (το μετάγραφο)
- Μεταβολίτωμα, σύνολο μεταβολιτών
- Πρωτεϊνωματική
Παραπομπές
Επεξεργασία- ↑ Θεοδωρίδης, Στέλιος (9 Ιανουαρίου 2020). «Μοριακός ανιχνευτής χαρτογραφεί τη λανθασμένη κατάσταση στο Πρωτέωμα σε ζωντανά κύτταρα». Texnologia.net Νέα, ενημέρωση & ειδήσεις στην τεχνολογία. Ανακτήθηκε στις 14 Ιανουαρίου 2020.
- ↑ «UniProt: a hub for protein information». Nucleic Acids Research 43 (D1): D204–D212. 2014. doi:. ISSN 0305-1048. PMID 25348405.
- ↑ Kozlowski, LP (26 October 2016). «Proteome-pI: proteome isoelectric point database». Nucleic Acids Research 45 (D1): D1112–D1116. doi:. PMID 27789699.
- ↑ Perdigão, Nelson (2015). «Unexpected features of the dark proteome». PNAS 112 (52): 15898–15903. doi:. PMID 26578815. PMC 4702990. Bibcode: 2015PNAS..11215898P. http://www.pnas.org/content/112/52/15898.abstract.html.